甲状腺细针抽吸分子测定专利检索-聚合酶链反应遗传学专利检索查询-专利查询网 (2024)

发明背景

在美国，每年诊断出大约25,600例新甲状腺癌病例，且1,400位患 者会死于该疾病。所有甲状腺癌中约75％属于乳头状甲状腺癌类型。剩 余的由10％的滤泡性癌、5％-9％的髓样甲状腺癌、1％-2％的退行发育 性癌、1％-3％的淋巴瘤和小于1％的肉瘤和其它罕见肿瘤组成。通常， 甲状腺中的块(结节)是甲状腺癌的第一症征。在美国，有1000-1800万 人具有单个甲状腺结节，且每年有大约490,000人变成临床上明显的。 幸运地，这些结节中仅约5％是癌性的。

甲状腺癌诊断的常用方法是细针抽吸(FNA)活组织检查。细胞学地 检查FNA样品，以确定结节是良性的还是癌性的。FNA的灵敏性和特 异性范围分别是68％-98％和72％-100％，这取决于机构和医生。不幸 地，在25％的病例中，样品不足以进行诊断，或通过细胞学不能确定。 在现有的医学实践中，对具有不确定结果的患者进行外科手术，结果是， 仅25％患有癌症，且75％以不必要的外科手术结束。具有高灵敏性和 更好的特异性(高于25％)的分子测定，会极大地提高甲状腺癌的现有诊 断准确性，并省去非癌性患者的不必要的手术。

比较基因组杂交(CGH)、基因表达的系列分析(SAGE)和DNA微阵 列已经用于鉴别甲状腺癌中发生的遗传事件，例如杂合性丢失、基因上 调和下调和基因重排。已经证实，PAX8和PPARγ基因重排事件与滤泡 性甲状腺癌(FTC)有关。ret原癌基因的重排与乳头状甲状腺癌(PTC)有 关。在FTC和PTC中都观察到了甲状腺过氧化物酶(TPO)基因的下调。 据报道，半乳凝素-3是区分恶性甲状腺肿瘤和良性病变的候选标记。但 是，其它研究证明，半乳凝素-3不是癌特异性的标记。意图用于甲状腺 癌诊断的许多基因缺少精确的分子测定所需的灵敏性和特异性。

发明概述

本发明包括诊断甲状腺癌的方法，其通过下述实现，从患者获取生 物样品；和测量样品中选自编码下述mRNA的那些的基因的表达水平： 与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的；和/或与SEQIDNO： 199、207、255和354相对应的；或被选自与表25所述的SEQIDNO： 36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/ 或被选自与表25所述的SEQIDNO：199、207、255和354相对应的 psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定截止水平的基因表 达水平预示着甲状腺癌。

本发明包括区分甲状腺癌和良性甲状腺疾病的方法，其通过下述实 现，从患者获取样品；和测量样品中选自编码下述mRNA的那些的基因 的表达水平：与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的；和/ 或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的；或被选自与表25 所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合 特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQIDNO：199、207、255 和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定 截止水平的基因表达水平预示着甲状腺癌。

本发明包括测试不确定的甲状腺细针抽吸(FNA)甲状腺结节样品的 方法，其通过下述实现：从患者获取样品；和测量样品中选自编码下述 mRNA的那些的基因的表达水平：与SEQIDNO：36、53、73、211和 242相对应的；和/或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的； 或被选自与表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的 psids的探针集合特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQIDNO： 199、207、255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超 过或低于预定截止水平的基因表达水平预示着甲状腺癌。

本发明包括确定甲状腺癌患者治疗规程的方法，其通过下述实现： 从甲状腺癌患者获取生物样品；和测量样品中选自编码下述mRNA的那 些的基因的表达水平：与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应 的；和/或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的；或被选自与 表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的psids的探 针集合特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQIDNO：199、207、 255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预 定截止水平的基因表达水平足以预示癌症，以使医生能够确定治疗该疾 病的推荐外科手术类型和/或疗法。

本发明包括治疗甲状腺癌患者的方法，其通过下述实现：从甲状腺 癌患者获取生物样品；和测量样品中选自编码下述mRNA的那些的基因 的表达水平：与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的；和/ 或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的；或被选自与表25 所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合 特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQIDNO：199、207、255 和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定 截止水平的基因表达水平预示着癌症；且如果他们是癌阳性的，则用甲 状腺切除术治疗患者。

本发明包括交叉验证甲状腺癌患者的基因表达概况的方法，其通过 下述实现：a.从统计学上显著数目的患者生物样品，得到基因表达数据； b.使样品次序随机化；c.留出来自约10％-50％样品的数据；d.对剩 余的样品，计算所有变量的目标因子，和选择满足p-值截止(p)的变量； e.如下选择拟合预测模型的变量：使用正向搜索，并评价训练误差，直 到它命中预定误差率；f.在留出的10-50％样品上，测试预测模型；g.用 取出的新样品集合，重复步骤c)-g)；和h.继续步骤c)-g)，直到已经测 试100％样本，并记录分类性能。

本发明包括独立地验证甲状腺癌患者的基因表达概况的方法和由 此得到的基因概况，其通过下述实现：从统计学上显著数目的患者生物 样品，得到基因表达数据；使基因表达数据中的来源变异性标准化；计 算以前选择的所有变量的目标因子；和在样品上测试预测模型，并记录 分类性能。

本发明包括产生后验概率评分以使得能够诊断甲状腺癌患者的方 法，其通过下述实现：从统计学上显著数目的患者生物样品，得到基因 表达数据；将线性判别分析应用于数据上，以得到选择的基因；和将加 权表达水平应用于选择的具有判别函数因子的基因上，以得到可以用作 后验概率评分的预测模型。

本发明包括产生甲状腺癌预后患者报告的方法和由此得到的报告， 其通过下述实现：从患者得到生物样品；测量样品的基因表达；向其应 用后验概率；和使用由此得到的结果以产生报告。

本发明包括组合物，其含有选自下述的至少一个探针集合：SEQID NO：36、53、73、211和242；和/或SEQIDNO：199、207、255和354； 或与表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242；和/或SEQIDNO： 199、207、255和354相对应的psids。

本发明包括试剂盒，其用于进行确定生物样品中的甲状腺癌诊断的 测定，其含有用于检测选自编码下述mRNA的那些的基因组合的分离的 核酸序列、它们的互补体或其部分的材料：与SEQIDNO：36、53、73、 211和242相对应的；和/或与SEQIDNO：199、207、255和354相对 应的；或被选自与表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242 相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/或被选自与表25所述的 SEQIDNO：199、207、255和354相对应的psids的探针集合特异性识 别的。

本发明包括用于评估甲状腺癌状态的物品，其含有用于检测选自编 码下述mRNA的那些的基因组合的分离的核酸序列、它们的互补体或其 部分的材料：与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的；和/ 或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的；或被选自与表25 所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合 特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQIDNO：199、207、255 和354相对应的psids的探针集合特异性识别的。

本发明包括用于执行本文提供的方法的微阵列或基因芯片。

本发明包括诊断/预后包(portfolio)，其含有选自编码下述mRNA 的那些的基因组合的分离的核酸序列、它们的互补体或其部分：与SEQ IDNO：36、53、73、211和242相对应的；和/或与SEQIDNO：199、 207、255和354相对应的；或被选自与表25所述的SEQIDNO：36、 53、73、211和242相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/或被 选自与表25所述的SEQIDNO：199、207、255和354相对应的psids 的探针集合特异性识别的，其中该组合足以表征甲状腺癌状态或在生物 样品中复发的危险。

附图简述

图1是98个训练样品中4-基因标记的LOOCV的ROC曲线。

图2是98个训练样品中5-基因标记的ROC曲线。

图3a是74个独立验证样品中4-基因标记的ROC曲线；3b是74个 独立验证样品中5-基因标记的ROC曲线。

图4a是对三-甲状腺对照基因标准化的4-基因标记的ROC曲线；4b 是对三-甲状腺对照基因标准化的5-基因标记的ROC曲线。

图5a是47个甲状腺样品中具有一轮扩增的4-基因标记的ROC曲 线；5b是47个甲状腺样品中具有二轮扩增的4-基因标记的ROC曲线； 5c是47个甲状腺样品中具有一轮扩增的5-基因标记的ROC曲线；5d 是47个甲状腺样品中具有二轮扩增的5-基因标记的ROC曲线。

图6a和6b描述了83个独立的新鲜冷冻的甲状腺样品的交叉验证 ROC曲线。

图7a和7b描述了47个细针抽吸(FNA)甲状腺样品的标记验证ROC 曲线。

图8a和8b描述了28个配对的新鲜冷冻的和FNA甲状腺样品的标 记性能ROC曲线。

详细描述

在该研究中，目标是鉴别可以用于测定(例如基于DNA芯片的测 定)中来区分甲状腺癌和良性甲状腺疾病的标记。使用Affymetrix人 U133A基因芯片，分析了31个原发性乳头状甲状腺肿瘤、21个滤泡性 甲状腺癌、33个滤泡性腺瘤样品和13个良性甲状腺疾病。对比甲状腺 癌和良性组织之间的基因表达概况已使我们能够鉴别出2个标记：通过 百分位数分析和手工选择鉴别出的5-基因标记，和通过线性判别分析 (LDA)方法选择的4-基因标记。这2个标记分别具有92％/70％和 92％/61％的灵敏性/特异性性能，且已经在74个独立的甲状腺样品中验 证。本文提出的结果证实，这些候选标记以比现在可得到的诊断操作更 好的灵敏性和特异性，促进甲状腺癌的诊断。这2个标记适用于测试不 确定的FNA样品。

通过在AffymetrixU133a芯片上对98个代表性甲状腺良性和肿瘤 样品进行基因概况分析，我们已经为甲状腺FNA分子测定选择出2个 基因标记，5-基因标记和4-基因标记。选择标记，以达到接近95％的最 好测定灵敏性。除了纤连蛋白和甲状腺过氧化物酶以外，来自这2个标 记的其它7个基因以前没有涉入甲状腺肿瘤发生。已经用独立的74个 甲状腺样品验证了这2个标记，并且所述标记达到与在98个训练样品 中的标记等同的性能。2个基因标记的性能分别是92％灵敏性和 70％/61％特异性。当将这2个标记对特定的甲状腺对照基因标准化时， 该性能比未标准化的标记有所提高。此外，该标记的表现与2个不同的 靶制剂等同，即一轮扩增和二轮扩增。该验证对于FNA样品(其通常 含有有限数目的甲状腺细胞)的甲状腺测定是极其重要的。

特定核酸序列在组织样品中的单纯存在或不存在，仅仅很少地发现 具有诊断或预后价值。另一方面，关于各种蛋白、肽或mRNA的表达的 信息，日益显得重要。基因组内具有表达蛋白、肽或mRNA的潜力的核 酸序列(这样的序列称作“基因”)的单纯存在本身对该蛋白、肽或mRNA 是否在给定细胞中表达是非决定性的。无论能表达蛋白、肽或mRNA的 给定基因是否发生表达、和这样的表达发生的程度如何，如果发生表达 的话，由许多复杂的因素决定。不论理解和评估这些因素的困难，测定 基因表达都可以提供关于重要事件(例如肿瘤发生、转移、细胞凋亡和 其它临床上相关的现象)的发生的有用信息。在基因表达概况中，可以 发现基因有活性或无活性程度的相对指征。本发明的基因表达概况可以 用于为甲状腺癌患者提供诊断和治疗。

样品制备需要收集患者样品。在本发明的方法中使用的患者样品是 被怀疑含有患病细胞的样品，所述患病细胞例如在细针抽吸(FNA)甲状 腺组织中从结节采集的细胞。从活组织检查或外科手术样品得到的大块 组织制备和激光捕获显微解剖，也适用于该用途。激光捕获显微解剖 (LCM)技术是选择待研究的细胞的一种方式，其使细胞类型异质性造成 的变异性最小化。结果，可以容易地检测正常细胞或良性细胞和癌性细 胞之间基因表达的中等或微小变化。样品也可以包含从外周血提取的循 环上皮细胞。它们可以根据许多方法得到，但是最优选的方法是美国专 利6,136,182所述的磁分离技术。一旦已得到含有目标细胞的样品，就 提取RNA，扩增，并得到适当包(portfolio)中的基因的基因表达概况， 优选地通过微阵列。

本发明包括诊断甲状腺癌的方法，其通过下述实现，从患者获取生 物样品；和测量样品中来自编码下述mRNA的那些的基因的表达水平： 与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的；和/或与SEQIDNO： 199、207、255和354相对应的；或被来自与表25所述的SEQIDNO： 36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/ 或被来自与表25所述的SEQIDNO：199、207、255和354相对应的 psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定截止水平的基因表 达水平预示着甲状腺癌。

本发明包括区分甲状腺癌和良性甲状腺疾病的方法，其通过下述实 现，从患者获取样品；和测量样品中来自编码下述mRNA的那些的基因 的表达水平：与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的；和/ 或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的；或被来自与表25 所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合 特异性识别的；和/或被来自与表25所述的SEQIDNO：199、207、255 和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定 截止水平的基因表达水平预示着甲状腺癌。

本发明包括测试不确定的甲状腺细针抽吸(FNA)甲状腺结节样品的 方法，其通过下述实现：从患者获取样品；和测量样品中来自编码下述 mRNA的那些的基因的表达水平：与SEQIDNO：36、53、73、211和 242相对应的；和/或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的； 或被来自与表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的 psids的探针集合特异性识别的；和/或被来自与表25所述的SEQIDNO： 199、207、255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超 过或低于预定截止水平的基因表达水平预示着甲状腺癌。

本发明包括确定甲状腺癌患者治疗规程的方法，其通过下述实现： 从甲状腺癌患者获取生物样品；和测量样品中来自编码下述mRNA的那 些的基因的表达水平：与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应 的；和/或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的；或被来自与 表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的psids的探 针集合特异性识别的；和/或被来自与表25所述的SEQIDNO：199、207、 255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预 定截止水平的基因表达水平足以预示癌症，以使医生能够确定治疗该疾 病的推荐外科手术类型和/或疗法。

本发明包括治疗甲状腺癌患者的方法，其通过下述实现：从甲状腺 癌患者获取生物样品；和测量样品中来自编码下述mRNA的那些的基因 的表达水平：与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的；和/ 或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的；或被来自与表25 所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合 特异性识别的；和/或被来自与表25所述的SEQIDNO：199、207、255 和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定 截止水平的基因表达水平预示着癌症；且如果他们是癌阳性的，则用甲 状腺切除术治疗患者。

上面方法中的SEQIDNO可以是36、53、73、211和242或199、 207、255和354，或45、215、65、29、190、199、207、255和354。

本发明也包括含有进一步测量至少一个编码下述mRNA的基因的 表达水平的步骤的上述方法：与SEQIDNO：142、219和309相对应的； 和/或与SEQIDNO：9、12和18相对应的；或被来自与表25所述的SEQ IDNO：130、190和276相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/ 或被来自与表25所述的SEQIDNO：9、12和18相对应的psids的探针 集合特异性识别的。本发明也包括含有进一步测量至少一个在样品中组 成型表达的基因的表达水平的步骤的上述方法。

在US20030194406；US20050037439；和US20040137539中提及 了钙粘着蛋白3，1型(SEQIDNO：53)。在US6436642和US20030104419 中提及了纤连蛋白(SEQIDNO：242)。在US20030232350；和 US20040002067中提及了分泌颗粒，神经内分泌蛋白1(SEQIDNO：76)。 在US20030108963；和US20050037463中提及了睾丸蛋白聚糖-1(SEQ IDNO：36)。在US6066449、US20030118553；US20030054571； WO9102061；和WO9856953中提及了甲状腺过氧化物酶(SEQIDNO： 211)。在WO2005005601和US20020114806中提及了趋化因子C(C-C) 基序配体18(SEQIDNO：354)。在US20030219760；和US20030232350 中提及了肺表面活性剂-相关蛋白B(SEQIDNO：355)。在 US20030096782；和US20020168638中提及了K+通道β亚基(SEQID NO：207)。在WO2005020784中提及了推定的前列腺癌抑制子(SEQID NO：178)。在WO2004040014；和WO2005020784中提及了骨髓基质细 胞抗原1(SEQIDNO：142)。在US20030060614中提及了白细胞免疫 球蛋白-样受体-6b(SEQIDNO：219)。在EP1393776；WO02057414； WO0116158和US6831063中提及了桥接综合者(integrator)2(SEQID NO：309)。在WO2004030615；和WO9733995中提及了富含半胱氨酸 的、生血管的诱导物61(SEQIDNO：9)。在US20040241653和 WO2005015236中提及了含硒蛋白P，血浆1(SEQIDNO：12)。在 WO2005015236；WO9203469；WO9203152；和EP0546053中提及了胰 岛素-样生长因子-结合蛋白4(SEQIDNO：18)。

在本发明中，在本文提供的方法中分析患者的基因表达模式的最优 选的方法，是通过使用线性判别分析程序。本发明包括产生后验概率评 分以使得能够诊断甲状腺癌患者的方法，其通过下述实现：从统计学上 显著数目的患者生物样品，得到基因表达数据；将线性判别分析应用于 数据上，以得到选择的基因；和将加权表达水平应用于选择的具有判别 函数因子的基因上，以得到可以用作后验概率评分的预测模型。其它分 析工具也可以用于解决相同的问题，例如，逻辑回归和神经网络方法。

例如，可以使用下式进行线性判别分析：

$p_{\left(\mathrm{CP}\right)}=\frac{e^{d_{\left(\mathrm{CP}\right)}-d_{\left(\mathrm{CN}\right)}}}{1+e^{d_{\left(\mathrm{CP}\right)}-d_{\left(\mathrm{CN}\right)}}}$

$p_{\left(\mathrm{CN}\right)}=\frac{1}{1+e^{d_{\left(\mathrm{CP}\right)}-d_{\left(\mathrm{CN}\right)}}}$

其中，

I(psid)＝括号内围住的探针集合的底为2的对数(logbase2)强度

d(CP)＝癌阳性类别的判别函数

d(CN)＝癌阴性类别的判别函数

P(CP)＝癌阳性类别的后验p-值

P(CN)＝癌阴性类别的后验p-值

可以得到许多其它众所周知的模式识别方法。下面的参考文献提供 了一些实例：加权表决(WeightedVoting)：Golub等(1999)；支持向 量机(SupportVectorMachines)：Su等(2001)；和Ramaswamy等 (2001)；K-最近邻(K-nearestNeighbors)：Ramaswamy(2001)；和相关 系数(CorrelationCoefficients)：van′tVeer等(2002)。

优选地，确立包，从而使得包内基因组合相对于单个基因或随机选 择的基因组合表现出提高的灵敏性和特异性。在本发明的上下文中，包 的灵敏性可以反映在患病状态基因的表达相对于正常状态表现出的倍 数差异中。特异性可以反映在基因表达的信号传导与目标状况的关联的 统计学测量中。例如，标准差可以用作这样的测量。在考虑一组包含在 包内的基因时，表达测量中的小标准差与更大的特异性相关联。其它变 异测量例如相关系数，也可以用于该能力。本发明也包括这样的上述方 法，其中特异性是至少约40％、至少约50％和至少约60％。本发明也包 括这样的上述方法，其中灵敏性是至少约90％和至少约92％。

本发明也包括这样的上述方法，其中利用模式识别方法，进行表达 模式的对比。一种本发明的方法包含，对比各种基因(或包)的基因表 达模式，以解释诊断。将构成该包的每个基因的基因表达模式固定在介 质中，例如计算机可读介质。这可以采取许多形式。例如，可以确立表， 向其中输入指示疾病的信号范围(例如，强度测量)。然后，可以将实际 的患者数据与表中的值相对比，以确定患者样品是正常的、良性的或患 病的。在更复杂的实施方案中，数字地或图形地记录表达信号(例如，荧 光强度)的模式。然后，将与患者样品一起使用的来自基因包的基因表达 模式与该表达模式相对比。

然后，可以使用模式对比软件来确定患者样品是否具有指示疾病的 模式。当然，这些对比也可以用于确定患者是否可能经历该疾病。然后， 将样品的表达概况与对照细胞包相对比。如果样品表达模式与癌的表达 模式相一致，则(在不存在抵消性医学考虑的情况下)如治疗甲状腺癌患 者一样治疗患者。如果样品表达模式与正常/对照细胞的表达模式相一 致，则将患者诊断为癌阴性的。

优选地，基于杂交的微阵列探针的强度测量的倍数变化，区分上调 和下调的水平。对于进行这样的区分，1.5倍差异是优选的(或p-值小于 0.05)。也就是说，在认为基因在患病细胞相对于正常细胞中差异表达之 前，发现患病细胞产生为正常细胞的至少约1.5倍、或2/3的强度。倍 数差异越大，使用该基因作为诊断或预后工具是越优选的。为本发明的 基因表达概况选择的基因，具有导致信号产生的表达水平，所述信号使 用临床实验室仪器操作，通过超过背景的量，可以与正常的或非调节的 基因的信号区分开。

统计学值可以用于确信地辨别调节的和非调节的基因与噪音。统计 学检验发现在不同样品组之间存在最明显差异的基因。斯氏T-检验是可 以用于发现2组之间的显著差异的有力统计学检验的实例。p-值越低， 该基因在不同组间表现出差异的证据越有力。尽管如此，由于微阵列每 次测量超过一个基因，所以可以同时查询好几万统计学检验。鉴于此， 人们不可能仅仅偶然地观察到小p-值，且使用Sidak校正以及随机化/ 排列试验，可以对此进行调整。T-检验小于0.05的p-值，证明该基因是 显著不同的。更有力的证据是，进行Sidak校正后包括小于0.05的p- 值。对于每组中的大数目的样品，随机化/排列试验后小于0.05的p-值， 是显著差异的最有力证据。

本发明包括用于执行本文提供的方法的微阵列或基因芯片。微阵列 可以含有来自编码下述mRNA的那些的基因组合的分离的核酸序列、它 们的互补体或其部分：与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应 的；和/或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的；或被来自与 表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的psids的探 针集合特异性识别的；和/或被来自与表25所述的SEQIDNO：199、207、 255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的，其中该组合足以表 征甲状腺癌或在生物样品中复发的危险。微阵列优选地测量或表征至少 约1.5-倍超表达或表达不足，提供统计学上显著的p-值超表达或表达不 足，或p-值小于0.05。优选地，微阵列含有cDNA阵列或寡核苷酸阵列， 且可以含有一种或多种内部对照试剂。一种优选的内部对照试剂是，检 测PAX8基因表达的方法，所述PAX8基因表达可以使用SEQIDNO： 409-411测量。

优选地，阵列中的寡核苷酸与待测量其表达的基因的3’非编码区相 对应。

可以用于选择产生大于非调节的基因或噪音的信号的基因的另一 个参数是，测量绝对信号差异的应用。优选地，调节的基因表达产生的 信号至少20％不同于正常的或非调节的基因的信号(在绝对基础上)。甚 至更优选地，这样的基因产生至少30％不同于正常的或非调节的基因的 表达模式。

确立基因表达概况的优选方法包括，测定可以编码蛋白或肽的基因 生成的RNA的量。这可以通过反转录酶PCR(RT-PCR)、竞争性RT-PCR、 实时RT-PCR、差别展示RT-PCR、RNA印迹分析和其它相关试验来实 现。尽管使用单个的PCR反应可能实施这些技术，最好扩增从mRNA 生成的互补的DNA(cDNA)或互补的RNA(cRNA)，并通过微阵列对其 进行分析。许多不同的阵列构型和它们的生产方法是本领域技术人员已 知的，且记载在美国专利，例如：5,445,934；5,532,128；5,556,752； 5,242,974；5,384,261；5,405,783；5,412,087；5,424,186；5,429,807； 5,436,327；5,472,672；5,527,681；5,529,756；5,545,531；5,554,501； 5,561,071；5,571,639；5,593,839；5,599,695；5,624,711；5,658,734；和 5,700,637中。

微阵列技术允许同时测量数千个基因的稳态mRNA水平，从而代表 鉴别诸如失控细胞增殖的发作、停滞或调节的作用的有力工具。目前， 广泛地使用2个微阵列技术。第一个是cDNA阵列，且第二个是寡核苷 酸阵列。尽管这些芯片的结构存在差异，但几乎所有下游数据分析和输 出都是相同的。这些分析的结果通常是从标记探针接收到的信号的强度 的测量，所述标记探针用于检测来自样品的、与在微阵列的已知位置处 的核酸序列杂交的cDNA序列。通常，信号的强度与在样品细胞中表达 的cDNA，且因而mRNA的量成比例。许多这样的技术是可以得到和有 用的。测定基因表达的优选方法可以参见，美国专利6,271,002； 6,218,122；6,218,114；和6,004,755。

通过对比这样的信号强度，进行表达水平的分析。这最好通过生成 试验样品中基因表达强度与对照样品中基因表达强度的比率矩阵来进 行。例如，可以将来自患病组织的基因表达强度与从相同类型的良性或 正常组织产生的表达强度相对比。这些表达强度的比率，指示着试验样 品和对照样品之间基因表达的倍数变化。

基因表达概况也可以以许多方式展示。最常见的方法是，将原始荧 光强度或比率矩阵排列成图解树形图，其中列代表试验样品，且行代表 基因。将数据这样排列，从而具有类似表达概况的基因彼此邻近。每个 基因的表达比率用颜色显现。例如，小于1的比率(指示下调)可以出现 在谱的蓝色部分，而大于1的比率(指示上调)可以呈现在谱的红色部分 中的颜色。可以得到商业上可得到的计算机软件程序，以展示这样的数 据，包括来自SiliconGenetics，Inc.的“GENESPRING”，和来自Partek，Inc. 的“DISCOVERY”和“INFER”软件。

在实施例中描述了用于本发明方法中的调节的基因。与良性甲状腺 疾病患者相比，在甲状腺癌患者中，有差别地表达的基因受到上调或下 调。上调和下调是相对的术语，表示与一些基线相比，发现了基因的表 达量的可检测差异(超过用于测量它的系统中的噪音的贡献)。在该情况 下，基线是测量的良性疾病患者的基因表达。然后，使用相同的测量方 法，患病细胞中的目标基因相对于基线水平受到上调或下调。在该背景 下，患病指，随着失控的细胞增殖而发生的身体状态的改变，该改变打 断或扰乱身体功能的正确表现、或具有扰乱身体功能的正确表现的潜 力。当一个人的基因型或表型的有些方面与疾病的存在相一致时，则诊 断出某人患有疾病。但是，进行诊断或预后的行为包括测定疾病/体质问 题，例如测定复发的可能性、治疗的类型和治疗监控。在治疗监控中， 通过对比基因随时间推移的表达，以确定基因表达概况是否已经改变或 正在改变成与正常组织更一致的模式，对给定治疗进程的作用作出临床 判断。

可以将基因分组，从而使得关于组内基因集合得到的信息提供作出 临床上相关判断，例如诊断、预后或治疗选择的可靠基础。这些基因集 合构成本发明的包。关于大多数诊断标记，经常需要使用最少数目的、 足以作出正确医学判断的标记。这阻止在进一步分析之前治疗的延迟、 以及时间和资源的无价值的使用。

确立基因表达包的一种方法是通过最优化算法的使用，例如在确立 股票包中广泛使用的平均方差算法。该方法详细描述在美国专利公开号 20030194734中。基本上，该方法需要确立一组输入值(财务应用中的股 票，通过这里的强度测量的表达)，它们会最优化使用它时接收到的返回 值(例如，产生的信号)，同时使返回值的变异性最小化。许多商业化的 软件程序可以用于进行这样的操作。“WagnerAssociatesMean-Variance OptimizationApplication”贯穿本说明书称为“Wagner软件”，它是优选 的。该软件使用来自“WagnerAssociatesMean-VarianceOptimization Library”的函数以确定有效界限，且在Markowitz意义上的最佳包是优选 的。这类软件的应用，要求当该软件用于它们的计划财务分析目的时， 微阵列数据被转换从而使得它可以以股票返回方式作为输入值处理和 使用危险测量。

选择包的方法也可以包括应用启发式规则。优选地，这样的规则在 生物学和对用于产生临床结果的技术的理解的基础上建立。更优选地， 它们应用于来自最优化方法的输出值。例如，包选择的平均方差方法可 以应用于在癌症受试者中有差别地表达的许多基因的微阵列数据。来自 该方法的输出值是最优化的基因集合，其可包括在外周血以及患病组织 中表达的有些基因。如果在测试方法中使用的样品是从外周血获得的， 且在癌症情况下有差别地表达的某些基因也会在外周血中有差别地表 达，则可以应用启发式规则，其中从有效界限选择包，不包括在外周血 中有差别地表达的那些。当然，可以在形成有效界限之前应用该规则， 例如，通过在数据预选择过程中应用该规则。

可以应用不一定与正被讨论的生物学相关的其它启发式规则。例 如，人们可以应用这样的规则，其中仅规定百分比的包可以由特定基因 或基因组代表。商业上可得到的软件，例如Wagner软件，容易地适应 这些类型的启发式研究。这可能是有用的，例如，当除了准确度和精密 度以外的因素(例如，预期的许可费)对包括一个或多个基因的需要性具 有影响时。

本发明的基因表达概况也可以与用于癌症诊断、预后或治疗监控 的其它非遗传诊断方法联合使用。例如，在有些情况下，有益的是组合 上述基于基因表达的方法的诊断能力和来自常规标记、例如血清蛋白标 记(例如，癌抗原27.29(“CA27.29”))的数据。存在许多这样的标记， 包括诸如CA27.29的分析物。在一种这样的方法中，从治疗的患者外 周地采集血液，然后进行上述一种血清标记的酶免疫测定。当标记的浓 度暗示肿瘤的回复或治疗的失败时，采集顺从基因表达分析的样品来 源。当存在可疑块时，进行细针抽吸(FNA)，且然后如上所述，分析从 该块采集的细胞的基因表达概况。或者，组织样品可以采自以前去除肿 瘤的组织的邻近区域。当其它测试产生不确定的结果时，该方案是特别 有用的。

本发明包括交叉验证甲状腺癌患者的基因表达概况的方法，和这样 得到的概况，其通过下述实现：a.从统计学上显著数目的患者生物样品， 得到基因表达数据；b.使样品次序随机化；c.留出来自约10％-50％样 品的数据；d.对剩余的样品，计算所有变量的目标因子，和选择满足 p-值截止(p)的变量；e.如下选择拟合预测模型的变量：使用正向搜索， 并评价训练误差，直到它命中预定误差率；f.在留出的10-50％样品上， 测试预测模型；g.用取出的新样品集合，重复步骤c.-g.；和h.继续步 骤c)-g)，直到已经测试100％样品，并记录分类性能。在该方法中，优 选地，在步骤h.中得到的基因表达数据由来自编码下述mRNA的那些的 基因代表：与SEQIDNO：1、4、7、8、10-11、13-17、19-24、26-27、 29-31、33-35、37-38、40-52、54-72、75-82、84-135、138-141、144-151、 153-159、161-162、164、166-173、176-198、200-201、203-206、208-209、 212-213、215-218、220-221、223、227-233、235-241、243-244、246-249、 251、253-254、256-263、265-289、291-293、295-308、310-331、333-341、 343-345、347-348、350-353和355-363相对应的；或被来自表25中与 SEQIDNO：1、4、7、8、10-11、13-17、19-24、26-27、29-31、33-35、 37-38、40-52、54-72、75-82、84-135、138-141、144-151、153-159、161-162、 164、166-173、176-198、200-201、203-206、208-209、212-213、215-218、 220-221、223、227-233、235-241、243-244、246-249、251、253-254、 256-263、265-289、291-293、295-308、310-331、333-341、343-345、347-348、 350-353和355-363相对应的psids的探针集合特异性识别的。

本发明包括独立地验证甲状腺癌患者的基因表达概况的方法，和这 样得到的概况，其通过下述实现，从统计上显著数目的患者生物样品， 得到基因表达数据；使基因表达数据中的来源变异性标准化；计算以前 选择的所有变量的目标因子；和在样品上测试预测模型，并记录分类性 能。在该方法中，优选地，在步骤d.中得到的基因表达数据由来自编码 下述mRNA的那些的基因代表：与SEQIDNO：1、4、7、8、10-11、 13-17、19-24、26-27、29-31、33-35、37-38、40-52、54-72、75-82、84-135、 138-141、144-151、153-159、161-162、164、166-173、176-198、200-201、 203-206、208-209、212-213、215-218、220-221、223、227-233、235-241、 243-244、246-249、251、253-254、256-263、265-289、291-293、295-308、 310-331、333-341、343-345、347-348、350-353和355-363相对应的； 或被来自表25中与SEQIDNO：1、4、7、8、10-11、13-17、19-24、 26-27、29-31、33-35、37-38、40-52、54-72、75-82、84-135、138-141、 144-151、153-159、161-162、164、166-173、176-198、200-201、203-206、 208-209、212-213、215-218、220-221、223、227-233、235-241、243-244、 246-249、251、253-254、256-263、265-289、291-293、295-308、310-331、 333-341、343-345、347-348、350-353和355-363相对应的psids的探针 集合特异性识别的。

本发明包括产生后验概率评分以使得能够诊断甲状腺癌患者的方 法，其通过下述实现：从统计学上显著数目的患者生物样品，得到基因 表达数据；将线性判别分析应用于数据上，以得到选择的基因；将加权 表达水平应用于选择的具有判别函数因子的基因上，以得到可以用作后 验概率评分的预测模型。例如，可以使用下式进行线性判别分析：

$p_{\left(\mathrm{CP}\right)}=\frac{e^{d_{\left(\mathrm{CP}\right)}-d_{\left(\mathrm{CN}\right)}}}{1+e^{d_{\left(\mathrm{CP}\right)}-d_{\left(\mathrm{CN}\right)}}}$

$p_{\left(\mathrm{CN}\right)}=\frac{1}{1+e^{d_{\left(\mathrm{CP}\right)}-d_{\left(\mathrm{CN}\right)}}}$

其中，

I(psid)＝括号内围住的探针集合的底为2的对数强度

d(CP)＝癌阳性类别的判别函数

d(CN)＝癌阴性类别的判别函数

P(CP)＝癌阳性类别的后验p-值

P(CN)＝癌阴性类别的后验p-值

本发明包括产生甲状腺癌诊断患者报告的方法和由此得到的报告， 其通过下述实现：从患者得到生物样品；测量样品的基因表达；向其应 用后验概率评分；和使用由此得到的结果以产生报告。该报告也可以含 有患者结果的评估和/或与相对于患者群体的危险可能性。

本发明包括组合物，其含有来自下述的至少一个探针集合：SEQID NO：36、53、73、211和242；和/或SEQIDNO：199、207、255和354； 或与表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242；和/或SEQIDNO： 199、207、255和354相对应的psids。

本发明包括试剂盒，其用于进行确定生物样品中的甲状腺癌诊断的 测定，其含有用于检测来自编码下述mRNA的那些的基因组合的分离的 核酸序列、它们的互补体或其部分的材料：与SEQIDNO：36、53、73、 211和242相对应的；和/或与SEQIDNO：199、207、255和354相对 应的；或被来自与表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242 相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/或被来自与表25所述的 SEQIDNO：199、207、255和354相对应的psids的探针集合特异性识 别的。SEQIDNO.可以是36、53、73、211和242，199、207、255和 354和45、215、65、29、190、199、207、255和354。

根据本发明制备的试剂盒包括用于测定基因表达概况的格式化测 定。它们可以包括实施该测定所需的全部或一些材料，例如试剂和说明 书和测定核酸序列、它们的互补体或其部分的介质。

本发明的物品包括用于治疗、诊断、预测和以其他方式评估疾病的 基因表达概况的代表物(representation)。这些概况代表物化为可以被机 器自动读取的介质，例如计算机可读介质(磁的、光学的等)。该物品也 可以包括关于评估这样的介质中的基因表达概况的指令。例如，该物品 可以包含CDROM，其具有关于对比上述基因包的基因表达概况的计算 机指令。该物品也可以具有数字地记录在其中的基因表达概况，以便可 以将它们与来自患者样品的基因表达数据进行对比。或者，可以以不同 的代表格式记录概况。图形记录是一种这样的格式。聚类算法，例如整 合进上述来自Partek，Inc.的“DISCOVERY”和“INFER”软件中的那些， 可以最好地辅助显现这样的数据。

不同类型的根据本发明的制品是用于揭示基因表达概况的介质或 格式化的测定。它们可以包含例如微阵列，其中序列互补体或探针固定 在基质上，指示目标基因的序列与它们结合，从而产生它们存在的可读 决定因子。或者，根据本发明的物品可以制成试剂盒，其用于进行杂交、 扩增和信号产生，后者指示着用于检测癌的目标基因的表达水平。

本发明包括用于评估甲状腺癌状态的物品，其含有用于检测来自编 码下述mRNA的那些的基因组合的分离的核酸序列、它们的互补体或其 部分的材料：与SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的；和/ 或与SEQIDNO：199、207、255和354相对应的；或被来自与表25 所述的SEQIDNO：36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合 特异性识别的；和/或被来自与表25所述的SEQIDNO：199、207、255 和354相对应的psids的探针集合特异性识别的。SEQIDNO.可以是 36、53、73、211和242；199、207、255和354；或45、215、65、29、 190、199、207、255和354。

本发明包括诊断/预后包，其含有来自编码下述mRNA的那些的基 因组合的分离的核酸序列、它们的互补体或其部分：与SEQIDNO：36、 53、73、211和242相对应的；和/或与SEQIDNO：199、207、255和 354相对应的；或被来自与表25所述的SEQIDNO：36、53、73、211 和242相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/或被来自与表25 所述的SEQIDNO：199、207、255和354相对应的psids的探针集合特 异性识别的，其中该组合足以表征甲状腺癌状态或在生物样品中复发的 危险。优选地，该包测量或表征至少约1.5-倍超表达或表达不足，或提 供统计学上显著的p-值超表达或表达不足。优选地，p-值小于0.05。

提供下面的实施例来解释、而不是限制要求保护的发明。本文引用 的所有参考文献都在本文中引作参考。

实施例1

材料和方法

组织样品

从不同的商业供应商获取新鲜冷冻的甲状腺良性疾病、滤泡性腺 瘤、滤泡性癌和乳头状癌样品，包括GenomicsCollaborative，Inc. (Cambridge，MA)、Asterand(Detroit，MI)和Proteogenex(LosAngeles， CA)。根据InstitutionalReviewBoard批准的规程，收集所有样品。也收 集患者人口统计和病理学信息。评论每个样品的组织病理学特征，以证 实诊断、估计样品保存和肿瘤含量。

RNA分离

使用标准的TriZol规程进行所有RNA分离。在TriZol试剂 (Invitrogen，Carlsbad，CA)中匀浆组织。从TriZol分离总RNA，并用异 丙醇在-20℃沉淀。用75％乙醇洗涤RNA沉淀，溶于水中，并保藏在 一80℃备用。用Agilent2100BioanalyzerRNA6000NanoAssay(Agilent Technologies，PaloAlto，CA)，检查RNA完整性。

线性判别分析

使用下述步骤，进行线性判别分析：计算共同的(合并)协方差矩阵 和组内平均值；从共同协方差和组内平均值，计算线性判别函数的集合； 和使用线性判别函数进行分类。

将每个探针的芯片强度读数插入下述方程式可以用于推论出未知 甲状腺样品是癌症阳性还是阴性的后验概率。例如，如果在测定中测试 甲状腺样品，并产生p(CP)>0.5，则该样品分类为甲状腺癌。

对于4基因标记：

d(CP)＝-50.9964+0.220424(I(32128_at))+1.520185(I(209810_at))+ 3.09431(I(210078_s_at))+6.11283(I(213423_x_at))

d(CN)＝-46.7445+0.374751(I(32128_at))+1.010852(I(209810_at))+ 3.645515(I(210078_s_at))+5.337296(I(213423_x_at))

对于5基因标记：

d(CP)＝-135.931+4.737838(I(202363_at))-1.23763(I(203256_at))+ 1.984148(I(203889_at))+6.638082(I(210342_s_at)+10.7704(I(212464_s_at))

d(CN)＝-128.978+4.610498(I(202363_at))-1.28685(I(203256_at))+ 1.656772(I(203889_at))+6.859133(I(210342_s_at)+10.24482(I(212464_s_at))

$p_{\left(\mathrm{CP}\right)}=\frac{e^{d_{\left(\mathrm{CP}\right)}-d_{\left(\mathrm{CN}\right)}}}{1+e^{d_{\left(\mathrm{CP}\right)}-d_{\left(\mathrm{CN}\right)}}}$

$p_{\left(\mathrm{CN}\right)}=\frac{1}{1+e^{d_{\left(\mathrm{CP}\right)}-d_{\left(\mathrm{CN}\right)}}}$

其中，

I(psid)＝括号内围住的探针集合的底为2的对数强度

d(CP)＝癌阳性类别的判别函数

d(CN)＝癌阴性类别的判别函数

P(CP)＝癌阳性类别的后验p-值

P(CN)＝癌阴性类别的后验p-值

二轮aRNA扩增

使用RiboBeast2-轮氨基烯丙基-aRNA扩增试剂盒(Epicentre，WI)， 基于T7的RNA线性扩增规程，经一些修改，从10ng总RNA扩增 aRNA。使用含有T7RNA聚合酶启动子序列的寡(dT)引物和 SuperscriptIIIRT，逆转录总RNA。使用BstDNA聚合酶，进行第2链 合成。用ExoI和ExoVII的外切核酸酶混合物进行额外的温育步骤， 以减少背景。将双链cDNA用作通过体外转录的T7-介导的线性扩增的 模板。对于第2轮扩增，不使用RiboBeast试剂，而使用ENZO BioArrayHighYieldRNA转录物标记试剂盒(Affymetrix，CA)替代氨基烯 丙基-aRNA的体外转录步骤。通过AgilentNanoChip技术，定量 aRNA。

实施例2

微阵列分析

制备标记的cRNA，且其与含有共22,000探针集合的高密度寡核 苷酸阵列Hu133AGeneChip(Affymetrix，SantaClara，CA)杂交。根据 生产商提供的标准规程，进行杂交。使用Affymetrix规程和扫描仪，扫 描阵列。对于随后的分析，将每个探针集合视作独立的基因。使用 Affymetrix基因芯片分析软件MAS5.0，计算每个基因的表达值。所有 芯片都满足下述质量控制标准：“存在”请求(“presence”call)的百分 比、比例因子、背景水平和噪音水平必须在平均值+或-3标准差的范围 内。用于随后分析的所有芯片都已经通过这些质量控制标准。在表1中 总结了用于标记选择和独立验证的样品收集。

表1.用于标记训练和验证的样品收集

训练样品集合

实施例3

结果标记鉴别

A.基因选择

使用Affymetrix人U133A基因芯片，分析了共98个样品，包括 31个原发性乳头状甲状腺肿瘤、21个滤泡性甲状腺癌、33个滤泡性腺 瘤和13个良性甲状腺组织。将5个基因选择标准应用于整个数据集合， 以得到用于随后基因标志或标记鉴别的有限数目的基因：

1.考虑在该样品集合中具有至少一个“存在请求(PresentCall)”的基 因。

2.排除在12个PBL样品中具有超过一个“存在请求”的基因。

3.只选择在所有样品中具有大于200的芯片强度的基因。

4.使用通过上面3个标准的基因，我们进行了表2所列的许多分析， 以鉴别在甲状腺肿瘤中上调或下调的基因。

5.最后，选择表达变化大于1.4-倍的基因。

表2.不同类型的百分位数分析的总结

为标记鉴别选择的基因的最终数目是322，在表25中描述为，SEQ IDNO：1、4、7、8、10-11、13-17、19-24、26-27、29-31、33-35、37-38、 40-52、54-72、75-82、84-135、138-141、144-151、153-159、161-162、 164、166-173、176-198、200-201、203-206、208-209、212-213、215-218、 220-221、223、227-233、235-241、243-244、246-249、251、253-254、 256-263、265-289、291-293、295-308、310-331、333-341、343-345、347-348、 350-353和355-363。从322个选择的基因得到的数据，提供在表3中， 并总结在表4中。

表3

3a

SEQID NO： 800TT 801TT 802TT 804TT 805TT 806TT 807TT 818TT 819TT 354 10235.3 163.8 12.2 99.1 111.6 2506.3 1780.7 29.3 4.1 355 508.5 150.8 31.5 83.8 63.1 457.5 189.9 48.2 45.3 356 82.7 754 707.3 477.3 1120.7 827.5 246.3 1068.3 960.1 357 834 758.9 718 249.4 883.6 554.5 377.5 616.1 706.9 358 2490.4 593.3 565.5 540.3 1132.7 750.4 803.7 377.4 534.6 359 533.5 342 412 409.4 413.3 396.5 309.5 352.8 317.7 362 136.4 550 399.6 653.8 573.4 322.4 539.5 317.5 324.9 360 476.2 324.5 352.5 348.2 473.3 342.9 170.3 190.1 279.4 361 196.4 995.8 839.3 382.6 926.9 480.8 305.3 913.9 1123.4 363 642.7 392.9 410.2 742.3 447.2 504.9 457.6 397 490.3 1 57.5 694.1 410.9 413.8 950.3 946.6 351.2 317.7 346.4 2 854 3127.2 2912.3 675.3 4484 3866 950.5 2514.3 2438.1 7 6.6 584 1380.1 315.4 543 393.6 303.9 713.9 821.6 8 6606.3 941.2 1104.5 736.7 749.7 1740.5 1083.6 423.7 583.3 9 1852.9 10149.7 6856.2 2912.1 6808.7 1233.4 3010.6 3890.5 2225.4 10 213.9 56.5 66.8 70.8 121.8 102.5 426.1 58.3 149.9 11 463.3 163.4 131.5 187.4 350.7 210.3 129.1 340.2 336.3 13 286.2 180.9 111.8 233.1 197.5 335.1 173.8 70.7 108.3 14 1590.2 437.8 323.5 558.1 897.5 1161.3 642.8 105.9 170.6 15 9293.6 467.4 332.9 823.3 3718.3 204 959.7 506.8 670.5 16 180 1093.1 911.1 674.5 960.2 1600.8 467 1244.5 995.6 17 850.8 1221.7 2320.1 687.9 1614.9 1605.7 404.6 1911.4 2114

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3b

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3e

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3j

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125 1555.3 978.9 878.3 1620.9 867.1 1453.5 126 87.5 59.3 1558.6 257.7 1842.3 258.4 127 140.3 83.5 117.6 156 105 192 128 320 249.4 167.1 365.5 265.9 418.6 129 189.6 189.4 161.7 86 198.2 224.2 130 122.9 84.1 71.2 115.6 87.4 72 131 140.1 39.7 182.4 236.8 71.2 535 132 243.2 184 208.8 237.5 218.6 256.7 133 174.8 338.7 113.2 82.8 67.1 321.5 134 182.1 160.9 497.9 87.7 278.3 109.1 135 286.8 205.4 723.3 307 241.7 336.9 138 146.4 136.3 144.8 124 114.4 176.2 139 202.8 189.9 152 72.1 169.5 132.4 140 18.2 1010.6 2927.9 23.6 1469.1 1.5 141 178.6 283.5 2257.9 3.4 1606.2 310 144 6356.1 261.5 311.4 419.2 349.3 527.5 145 298.7 186.1 180.4 255.9 190 279.2 146 272 229.4 195.1 295.7 196 343.1 147 42.5 44.6 35.8 58.6 44.5 29.3 148 357.4 192.1 831.9 156.5 464.4 1068.9 149 272.6 184 1807.9 33 284.7 171 150 182.2 502.5 356 148.7 526.3 948.6 151 265.1 174.8 181.4 138.7 143.7 162.4 153 132.4 185.7 157.8 103.5 113.3 218.6 154 145.6 46.6 390.9 121.8 68.4 160.8 155 226.6 139.4 130.3 224.6 96.3 238.7 156 81.5 50.5 20.5 169.1 107.5 88.7 157 226.7 170.6 136.4 131.5 112.2 189.1 158 236.4 237.1 1.1 202.4 39.1 650.6 159 1520.9 4126.2 3171.7 755.4 4600.4 3258.9 161 31.6 790.1 3.5 12.1 2.5 1.3 162 62.1 71.5 45.6 40.8 21.6 57.1 164 391.7 235.7 1236.8 91.4 215.8 40.9 166 4422.1 4880.3 7064.9 2557.6 3776.6 8467.5 167 544.2 1623 684.2 1035.6 3875 2178.2 168 2410.7 82.3 985.8 19.1 523.6 43 169 485.1 1840.5 7446.2 1266.9 1301.4 2686.1 170 971.7 643 1478.2 166.9 2916.1 760.7 171 38.2 233.9 733 1.2 1.2 503.5 172 492.3 472 656 483.1 510.4 757.2 173 542.8 375.8 794.6 114.4 595 647.8 176 10.6 32.1 1.2 69.1 991.6 1.2 177 224.2 1237.4 236.6 1044.6 789.8 993.8 178 1934.6 409 470.7 650.5 1387 941.3 179 145.3 412.9 60.7 161.2 85.7 245.7 180 161 92.4 67.4 128.2 94.3 131.7 181 9117.6 8152.5 11035.8 13798.5 15093.4 8202.9 182 189.4 445.2 574.2 128.1 524.1 227.5 183 1.1 64.7 11.7 1.2 1.1 72.1 184 215 541.8 290 167.9 286.9 190 185 973.9 711.7 1014 679.8 914.9 1030.3 186 377 560.6 395.4 1755.4 302.8 732.2 187 53.8 67.3 41.8 81.4 33.1 104.6 188 43.6 33.7 103.2 61.3 1218.5 94.9 189 86.4 37.9 69.2 84.5 695.6 108.4 190 407.6 372.7 283.5 135.6 90.2 162.9 191 359.8 2605 2070.6 919.3 2961.2 4325.2 192 856.8 383.6 183.3 146.2 69.3 827.1

193 75.8 1538.4 2686.5 638.6 2367.3 33.3 194 121.6 135.5 230 28.4 238.5 127.6 195 159.5 372.6 180 614.6 333.1 355.6 196 7404.9 4791.5 952.5 7933.6 7823.2 8113.2 197 133.6 44.6 130.5 218.5 71.7 113.9 198 129.4 323.2 103.3 138.9 56.8 123.9 199 105.7 36 1584.1 2.7 42.7 162 200 251.1 102.9 160.6 270.3 374.1 170.5 201 70.3 49.7 172.9 58.1 1.6 125.6 203 155.2 84.1 172.2 202.8 393.4 343.4 204 258.9 711.5 1093.8 268.3 710.3 515.6 205 1215.1 1501.8 7081.6 570.2 5009.6 1308.5 206 328 173 298.2 310.4 185.1 597.2 207 172.9 68.6 1428.1 46.5 2541.6 144.3 208 1492.3 7 24.8 10.1 783.8 45.3 209 667.1 1776.2 311.6 1203.9 2745 1499.4 211 1193.2 2651.6 12245 343.1 25458 17479.9 212 837.5 433 245 2353.6 512.9 728.8 213 203.3 87 71.4 3629.9 93.5 468.6 215 176 71.1 554.7 57.5 3381.9 202 216 611.8 308.3 915.4 490.4 896.8 690.5 217 118.5 146.7 191.2 121 293.9 120.7 218 252.2 466.5 274.1 124.9 335.3 428.6 220 125.2 75.4 108.2 10561 77.9 131.8 221 139.2 264.1 452 146.5 699.3 143.9 223 415.6 845.6 362.8 477.7 165.6 689.8 227 314.8 2480.3 1008.1 182.6 1091.2 223.2 228 432.9 294.9 213.2 461.6 568.4 517.8 229 143.7 774 171.7 1810.6 305 446.6 230 179 63.3 79.4 202.4 63.6 37.6 231 136.2 113.7 127 180.7 207.4 205 232 45.3 272.3 86.5 8.9 63.8 337.4 233 1483 4545.5 6134.3 1579.1 7762.7 3649.3 235 85.7 443.4 423.8 66.6 211.8 323.6 236 110.2 202.4 106.8 196.1 123.9 257.5 237 1495.9 564.8 1641 1057.2 1533.6 704.4 238 744.2 349.2 899.4 244.1 1354 349.4 239 186.3 100.4 196.3 93 124 153.1 240 195.9 71.5 727.2 65.8 131.3 148 241 237.2 205.2 1034.3 94.1 300.5 145.6 242 5003.3 13867.1 2129.7 15742.7 4086.9 11985.6 243 803.1 288.9 174.5 134.2 226.2 143.1 244 97.8 194.6 282.9 8.3 256.1 109.7 246 359 276.8 388.3 169.2 115.4 448.4 247 170.8 140.7 109.7 303.9 118.1 139.1 248 245.6 109.7 217.3 113.2 196.9 135.7 249 96.3 216.6 223.8 135.9 48.3 585.6 251 187.9 61.1 115.5 59.8 112.5 93.9 253 260.8 275.7 327.1 165.6 468.1 240.6 254 63.2 64.3 465.3 121 2267.5 15.9 255 1923 352.4 648.8 811.1 1499.8 1126.3 256 563.4 448.2 228.9 490.4 82.7 573.9 257 378.8 648.4 475.3 161.3 185.7 145.8 258 582.1 257.2 5241.4 168 40.2 1024 259 30 73.9 532.4 28.9 44.5 13.3 260 209.5 228.1 128.5 237.3 114 618.7 261 135.7 834.3 320.6 115.8 259.6 134.1 263 320.6 673.5 537 470.6 473.9 2280.3

263 316.2 103.4 161.5 369.4 123.6 137.2 265 106.3 287.4 601.3 317.4 934.8 119.6 266 216.8 145.8 179.8 955 181.8 470.8 256 147.4 89.7 97.7 81.8 124.2 119.5 268 304.8 19.7 60.1 175.6 2929.8 220.9 269 61.3 84.9 35 57.5 38 158.7 270 276.1 144.9 183.1 1394.4 176.9 726.2 271 139.7 191.4 249.6 243.4 292.7 190 272 1068.5 485.1 605.5 722 403 558.4 273 145.8 421.9 4104.1 1.3 1705.7 34.7 274 178.2 517.1 426.4 468.2 206.6 681.6 275 271.4 219.3 164 299.8 209.9 428.2 276 396.3 3030.8 977.3 188 1246.2 307.4 277 228.6 153.3 181.7 212.1 199 244.3 278 50.3 1164.1 1019 52 88.6 105.7 279 985.7 1407 2129.1 232.5 2794.6 1002 280 1510.7 2192.5 6373 286.6 3920.2 1434.5 281 24.5 1.2 32.8 20.6 66.1 40.3 282 4703.6 248.3 312.9 291 241.6 404.4 283 413.8 290.4 220 660.8 232 552.8 284 106.4 84.7 78.8 140.9 65.1 99.7 285 148.4 92.7 162.5 143.5 104.4 219 286 129 10.1 1134.4 36.1 1.3 510.6 287 127.8 111.9 67.9 468.2 86.5 147.5 288 267.1 129.5 153.3 256.4 171.7 231.2 289 91.1 390.9 271 465.5 214.2 1306.3 291 133.2 72.5 78.4 5.9 133.9 35.1 292 75.7 25.7 293.3 71.5 18.4 104.7 293 438 86.4 72.7 37.3 77.1 371 295 244.8 581.6 30.1 979.1 569.4 507.9 296 1349.4 504 1210.8 671.3 716.7 813.5 297 64.9 45.4 49.4 853.9 62 98.3 298 186.2 307.3 416.8 311.1 232.4 211.4 299 306.5 444.4 962 703.8 375.8 401.4 300 420.6 101.7 176.4 125.4 475.3 235.4 301 507.2 2222 808.6 528.9 1281.3 340.3 302 29.2 22.3 23.2 31.4 9.5 10.1 303 457.4 993.6 1360.4 930 836.6 1031.2 304 262.8 452.7 227.3 209.2 208.1 397.9 305 531.2 6335.1 145.3 300 1625.9 5308.7 306 262.8 287.6 155.9 258.3 126 317.5 307 150.7 121.6 150 167.9 118.6 139.3 308 1991.2 756 1163.4 4741.6 1375.7 4290.1 310 950.2 194.6 1093.2 1092.8 219.2 640.7 311 64.6 25.1 144.2 55.8 44.7 73.8 312 797.1 35.8 1289.1 5881.4 362.4 1192 313 542.5 719.4 122 119.1 139.3 161.9 314 938.2 209.6 551.3 68.6 147.2 345 315 123.7 274.1 155.2 218.6 299.1 52.8 316 289.8 413.1 415.9 205.6 84.3 704.2 317 202.4 156.1 133.7 210.8 138.1 206.3 318 126.8 259.1 109.3 26.5 16.2 157.6 319 362 168.9 161.6 713.5 195.9 1566.2 320 503.3 277.3 356.8 1176.5 487.2 297.3 321 218.1 470.4 426.1 337.2 517.9 711.3 322 375.3 251.1 292.4 504 186.1 609.6 323 553 949.4 2829.3 768.9 4431.8 1365.8 324 179.2 52.7 227.9 81.1 81.7 41.1

325 335.3 242.7 242.8 170.7 198.5 313.4 326 1260.9 2604.5 4986.5 584.6 6373.6 643.7 327 29.1 14.2 26.9 21.4 61.9 2.8 328 58.8 218.5 113.1 63.9 223.4 73.3 329 191.7 61.4 40.3 147.8 62.3 144.2 330 134.1 100.9 58.4 36 18.7 37.3 331 445.5 369.7 271.4 981.9 227.2 893.2 333 76.9 473 115.9 230.1 287.1 484.1 334 172.8 136 152.4 100.5 143.3 120.5 335 122.9 126.9 113.2 212.1 846.9 658.3 336 308.8 716 987.8 236.4 665.2 600.4 337 43.9 98.3 1139.9 53.3 129.7 270.9 338 290.4 144.6 420.3 105.8 134.4 220.2 339 338.2 255.3 217.6 483.7 351.7 459.4 340 241.7 256.2 235.6 263.3 247.8 313.8 341 693.6 1174.2 706.5 545.1 590.9 506.5 343 2675.2 997.1 235.2 5179.6 686.5 3885.2 344 1600.8 650.5 866.5 3374.5 937.5 785.9 345 371 324 225.2 332.3 208.4 349.4 347 930.2 70.2 922.3 734.3 7238.6 705.8 348 2298.3 37.7 1946.1 988.1 10651.2 2867.2 349 208.2 402.1 215.3 174.1 296.4 343.8 350 2.9 34.4 518.4 27.6 143.5 191.8 351 188.2 69.4 94.8 40.4 46.1 744.7 352 269.7 230.4 500.5 390.8 298.9 319.5 353 757.9 154.1 248.3 481.8 1304.4 432.8

表4.98个训练样品中的4-基因标记性能

肿瘤良性

阳性4818

阴性428

灵敏性92％(0.82，0.97)

特异性61％(0.46，0.74)

B.使用线性判别分析的标记鉴别

我们使用每次添加一个基因的正向选择方法，直到通过线性判别器 评估的后验误差(posteriorerror)小于或等于0.1。使用该方法，利用 322个基因，发现了4-基因标记。在表5和16中列出了这4个基因的同 一性，且在表6和7中显示了它们的芯片数据。

表5.4-基因标记

SEQIDNO：基因名称

354趋化因子(C-C基序)配体18(肺的和激活-调节的)

199肺表面活性剂-相关蛋白B(SP-B)

207K+通道β亚基

255推定的前列腺癌肿瘤抑制子

留一交叉验证(LeaveOneOutCrossValidation)(LOOCV)产生了 92％灵敏性和61％特异性，示于表4中。ROC曲线产生0.897的AUC， 如图1所示。

表6

表7

C.标记的手工选择

选择单独的基因的目的是，设计基于RT-PCR的测定。甲状腺癌和 非癌组织之间基因表达概况的对比，已经从这322个基因中鉴别出了5- 基因标记。在表8和16中示出了这5个基因的同一性，且在表9中显 示了芯片数据。使用LDA，评估98个样品中该标记的性能，且该标记 产生92％灵敏性和70％特异性，示于表10中。ROC曲线产生0.88的 AUC，如图2所示。

表8.5-基因标记

SEQIDNO：基因名称

53钙粘着蛋白3，1型(P钙粘着蛋白)

242纤连蛋白

73分泌颗粒，神经内分泌蛋白1

36睾丸蛋白聚糖-1

211甲状腺过氧化物酶(TPO)

表9

表10.98个训练样品中的5-基因标记性能

D.74个独立的甲状腺样品的交叉验证

处理74个独立的甲状腺样品，并用U133a芯片进行概况分析，且 在表11中显示了这2个标记的芯片数据。使用LDA，评估4-基因和5- 基因标记的性能。与98个训练样品相比，2个标记在这些样品中产生等 同性能。2个标记的灵敏性和特异性示于表12中，且ROC曲线如图3a 和3b所示。

表11

表12.74个验证样品中的4-基因和5-基因标记性能

4-基因标记

E.对照基因标记鉴别

使用98个甲状腺样品和12个PBL样品，我们选择2组基因作为取 样对照。一组由在甲状腺中表达、但是不在PBL中表达的基因组成，第 二组包括在PBL中表达、但是不在甲状腺中表达的基因。全基因列表和 对应的芯片数据如表13a和13b所示。从这些基因中，我们选择6个丰 富的基因，且甲状腺和PBL之间的差别相对较大。在74个独立的甲状 腺样品中，验证它们的表达概况。在表14中列出了这6个基因的同一 性，且它们的芯片数据示于表15a和15b中。

表13a

13a1

ThyMixBen_......_信号

SEQ02014_40062_H02014_40063_H02014_40064_02014_40065_02014_40066_02014_40067_

ID133A_800TT133A_801TTH133A_802TTH133A_804TTH133A_805TTH133A_806TT

22789.62676.23009.22957.53644.5

36346.1794.7623.97722977.3622.7

5845.53039.14452.62982.58283.21627.6

62730.41108.51155.62201.21954.31750

92248.912094.57529.22827.37701.71548.3

1210625.33137.22382.75727.862384685.1

1831715947.913241.710294.97849.34037.4

222715.29522.56429.72590.95294.36490.4

2519159.31467.3550.1283811294.71374.2

28722.7835.1727.1568.11336.7740.7

324160.68115.24061.86625.37348.93964.1

39314.31243.11486.8742.51027.71185.9

74323.91227.61965.11281.5760.1505.4

78250.86771029.5403.7795.2355

1431337.31339.12607.91758.81933.51809

1741263.14430.76041.63543.273463920.5

1751996.31829.53632.71646.52847.53054.2

1917108.4848.320631133.91482.41149

212258.21405.81196.9882.41296.81790

22220586.81371.22411.92573.91228.61342

2331410.614126.83020.42186.18439.46024.4

2345048.12183.33215.54103.94096.92220.2

2379053397.92525.12135.428222492.3

2381981937.71289.5804.51538.61454.7

245143.71598.51964.2897.92276.61348.2

2501300.97771405.91466.41301.31865.3

252945.61547.31210.213571437.11141.1

264455.1988.1932.8631.71253.9845.4

290345.6327.2533.1470.2700.5231.9

29410433655.84435.43563.94377.42734.8

296845.51242.51068.61506.52423.41527.3

342771.4535.9998.5922.51108.1605.4

13a2

信号

ThyMixBen_020102014_40198

SEQ4_40068_H133A__H133A_871T02014_40321_02014_40322_02014_40323_02014_40324_H

ID807TTTH133A_913TTH133A_914TTH133A_915TT133A_917TT

21749.61571.12634.42419.22697.42901.1

3377.25082322.7259.81123.4875.2

52762.91795.86670.22094.711425.74957.2

61280.12033.31910.32543.72173.21358.7

93346.8548.311398.5953.42085.210684.4

126927.14060.56664.42730.54322.82616.2

187418.914860.43134.726576.39585.48588.9

221797.5744.57334.3317.95120.18611.7

251245.8815.87201.1253.72882.91053.4

28301.1640.81325.94092762.7838.8

322992.43260.23588.1792.55413.22581

39435.8958.11152.1499.6556.9898.6

74689.21453.7491.7736.6986.91217

78160.1383151.2172.9597.4745.6

1431338.81466.61069.92070.92377.21976.3

1742464.31616.3829.81365.249384804.3

17517011511.51101.12325.42530.22237.6

191763.62383.32013.21274.2601.21100.2

2124811131.9912.5663.2666.41081

222280.815744944.1342.21225.9449

2331289.51272.46285.6866.81839.35797.4

2341645.43271.12263.31789.36497.43416

2371732.6879.637801345.32154.22802.8

238493.5893.11098.7405.9592.81326.4

245661.91378.31244.1645.41124.21171.1

250736.71305.66331409.41368.91146.7

2521145.819861203.21323.51544.6757

264462.7891.3629.4649.7872.11319.5

290295.8697.1987.8819.9440.6268.7

2941909.11128.4924.11519.23225.32954.9

296898.41232.2925.11290.3738.11089.6

342482.4712.6476.1694.8801.2605.7

13a3

信号

ThyFolBen_0201ThyFolBen_02014ThyFolBen_02ThyFolBen_020

SEQ02014_40325_02014_40326_4_40079_H133A_40080_H133A_8014_40081_H14_40082_H13

IDH133A_918TTH133A_919TT_818TT19TT133A_820TT3A_821TT

23457.72769.14234.55589.23035.32681.6

3920.51289.3627690.9585.4610

51805.25184.11487.219422663.81231.8

61560.81519.3996.21140.32093.4841.6

911354.89921.938942165.474677685.6

127531.76887.21379.11292.45085.13585.9

188220.15452.27762.87277.45374.92379.1

224750.85739.15655.37618.66227.91551.9

251557.93017.51200.4881.11279.8406.4

28886.61189.2731.4681.61225.7473.9

924134.110964.4927.63075.22775608.8

391259.21022.11423.71632.9899.5688.9

74741.8948.9770674.61139.7213

78447.9488.2790.6602.8776.3332.1

1433165.11865.52330.71160.716761672.4

174607.52151.84026.24702.610677.13826.8

1755358.52402.73765.61231.92531.92307.7

1912685.91183.61661.41657.11377.8368.2

2121306.31072.12181.82035.6954.21663.4

2222332.8431.21015.61651.73755.41669.9

2335181.8123773400.94679.324761506.6

2343760.21988.23527.43971.44526.5997.6

23727123073.81930.63521.82951.32673.5

2381552.21636.11333.5837.61069.71860.5

2451722.21981.51978.82170763.61392.9

2501502.710941083.3710.8864.91823.2

2521609.91679.31599.41463.91199.91019.2

264860.1835.61451.11315.61221.6936.8

290773.4490.4218.3507.2648.3294.6

294555.32490.71854.92997.47108.22160.7

2961240.118631139.61245.41172.51318.3

342738.7509.31018.4728.8977.2710.6

13a4

　　信号

SEQThyFolBen_02014_40fa__EA40173_Vfa__EA40191_fa__EA40192fa__EA40193fa__EA40194

ID083_H133A_822TTDX842TTVDX862TT_VDX863TT_VDX864TT_VDX865TT

23403.43423.52246.62723.34130.42828.3

3644.4950.11313.2344.41731.12576.9

53439.5754.321193324.71663.94423

61373.7987.7834.71399.91115.41872.1

97457.52730.99307.87048.53775.76931.3

123978.99462.8777.54280.848212268.2

186386.91591.29546.64979.55005.24409.5

222652.57124.711054.74669.94776.95782.5

251887.7470.8703.9714.5445.9698.2

28548.5562.4596.8915.91194.11041

324425.52120.31084.12638.92593.11919.9

391103.11110.2898.41375.11520.41744.1

74285.9895.8532.1841.21938.61109.5

78643.1346.6533.3680.5621.5385.8

1431979.93302.91686.62406.62255.43419.1

1745408.1608.25072.85907.12956.12670.2

1752650.36596.82600.84704.831235286.8

191667.72665.71382.1740.21133.33678.2

2121357.82545.21590.21326.31135.11079

2222239.9471548.8584.1899.41002.2

2337318.711617.910868.46925.95416.914212.9

2342395.92832.76005.32493.82128.86818.7

2372275.32639.32406.62595.11857.22546.1

2381181.82124.41586.72125.32039.51859.1

2452082.52302.12846.42280.83973.81520.6

25016841718862.92782.61973.41594.3

2521166.71579.6590.41623.21735.21584.3

264654.21604.23062.91460.81510.12018.9

290342431.8458.8602.3745977.6

2942978.3651.53533.74065.92720.42292.8

2962132.41762.9815.31040.31787.6932.6

3421058.5488.3475.4759.3658.3851.2

13a5信号

SEQfa__EA40195_Vfa__EA40196_Vfa__EA40197_VDfa__EA40219fa__EA4022002014_40327_

IDDX866TTDX867TTX869TT_VDX907TT_VDX908TTH133A_920TT

23243.62969.93761.43352.12486.73109.7

3728.95482531.17961204.6981.6

52392.76268.73870.9102163635.211319.3

61534965.42782.82638.61155.72100.9

98238.38829.94175.61650.47363.23172

123334.627523382.53589.16717.73191.1

189146.38150.57796.38021.581858907.1

224665.58163.538124001.75539.56346.7

25555.6524.61592.82057.74103.3886.1

281115.3604918.91190.9999.1998.2

321089.31808.71245.642027464.61100.2

391606.81418.21392.41443.3949.81388.7

74638.22085.2694.71778.1557.71486.9

78480.6603.6959.81000.3476721.1

14330032033.23441.73224.12461.32701.2

17433224573.54168.259823022.25710.7

1754747.72573.25834.54666.33540.83751

1912724.1726831.21991.31556.8643.4

2122362.71705.92344.81259.81288.51033.6

222271.72039.4683.41370.8728.81675.2

23310892.96981.910048.56773.9158033520.9

2344015.43229.54734.47233.32712.88148.3

2372159.92415.22194.82990.72565.82364

23814511111.61037.4914.91634.91078.9

2452059.12548.62180.92093.217301329.4

2503534.3993.32513.3878.9686.3980.4

2521589.81334.12762.41267.31857.61608.2

2641335.11560.11656.9942.7950.41076.1

290496.3626.2584.9549.5309.7613.4

2942869.44842.42762.94119.22299.83497.8

2961414.4882.412841106.41493.4888.5

342595.6660.61442.51050.3607.51278.6

13a6

信号

SEQ02014_40332_02014_40334_02014_40335_EA02014_40374EA02014_40376EA02014_40377

IDH133A_938TTH133A_941TTH133A_940TT_H133A_921TT_H133A_923TT_H133A_924TT

21963.72662.22416.53047.72043.63322

3942.5342749.11300.6549.31182

522183903.13011.11669.81508.31453.3

6939.51239.91853.8837.71477.81129.4

95245.31988.91165.841378735.74453.3

122500.421003597.75716.26694.63667.8

185929.77819.75335.44017.52899.75013.3

222265.86298.22112.73386.64519.54186.6

251160.2916.5614.71055.51184.4828.4

28617.6408.5740.7477.3701.3550.8

322918.83242.33083.91411.44079.52063.5

391356.6876.818551231.3982.11248

741102.1826.71384.4296.9632.9787.7

78361.5383.5482.7578.5351.8389.9

1431394.92889.21838.1177615633881.9

1742198.31887.53921.83076.41858.11967.3

1751391.43677.82169.321692397.25896.8

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13a7

EA02014_信号

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信号

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13a10

信号

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13a11

信号

SEQpc__EA40204_VDpc__EA40205_pc__EA40206_Vpc__EA40207_pc__EA40208pc__EA40209_

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13a12

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17440.8149.824.210.615.681.416.8

175262.5355.4207.821.6213.9175.8193.7

191151.2310.793.365.7108.495.979.3

21293.6121.7141.730.842.6108.493.2

22283.582.860.716.45071.166.9

233144.764.116.576.470.88.1

23440.4248.143.845.5143.330.977.2

237223.8141.1129.557.621.911.518.7

23832.127.666.510.533.47.761.6

24519.87.24.82.411.24.76.7

25075.3109.265.385.7119.9118.766.4

252103.891.294.81769.376.122.5

264151224.6129.9122.899.861.524.8

29021.827.650.749.36.22.73

29491.158.44024.852.667.831.7

296282.4299.2143.7149.7197.9205.2147.7

342304.5437.8327.490.9247.6224.4268.6

表13b

13b1

ThyMixBen_02014_....._信号

SEQ40062_H133A_40063_H133A40064_H13340065_H13340066_H133A_40067_H1340068_H13

ID800TT_801TTA_802TTA_804TT805TT3A_806TT3A807TT

83156.7114.373.8240.3173193.6291.2

14228.37.91528.426.925.814.2

136100.423.415.3106.928.314.956

137527.24732.3177.219.553.1404.6

152237.5230.4188.7465.2183260.9190.9

160291.6141.980.9323.198.1120.3219.7

16315.653.125.170.820.156.147.8

165190.2230.7142.4483.5179.3241.7410.9

210436.98.618.4343.731.88148.1

214269.2134.4167.7141.8145.7140.5349.1

21921719.67.985.621.826.7115.1

224588.2121.4119.2275.2136.6240.5392.5

225508.130.142.3107.359.429.5147.3

22657.348.280.9103.943.512.388.9

309257.720.620.775.519.224833.9

332287.11726.1103.8115.968.837.9

346622.218.32417.620.713.2442.1

13b2

02014_...._信号

SEQ40198_H1340321_H1340322_H1340323_H13340324_H133A40325_H133A_940326_H133A_

ID3A_871TT3A_913TT_3A_914TTA_915TT_917TT18TT919TT

8339.590.276.4255.8150.8109.7142.6

14225.322.512.934.48.520.667.7

1369.831.816.8132115.41307.2

137227.853.668.760.129.6133.229

152184.4214.3253.2294.7313.8251.3294.2

160267.5250.7206.5328.8191.1220.8114.4

16344.356.423.998.535.26841.8

165174.3221.8185.5266.3104.6217.1159.9

21025.8153.64255.58.215249.1

21443.283.6110.6213.7132.689.3138.7

21956.653.545.2122.124.412441.3

224269.7357.4260191.5168.8330.8169.8

225204.8322.6114.255.6121.8317.695.8

22611.957.469.92267.533.619.3

30937.93728.25310.232.624.2

3329.959.266.757.81340.59

34628.6263.811.127.232.5153.461.1

13b3

ThyFolBen_02014_...._信号

SEQ40081_H133A_840082_H133A_840083_H133A_8

ID40079_H133A_818TT40080_H133A_819TT20TT21TT22TT

8363.4151.8104.127.5138.9

1421520.218.818.423

13617.6136.477.131.717.7

13724.736.11828.442.6

15262.1176.7146.4273.3328.2

160153138.1131192.4124.1

1636.921.43563.513.4

16528.7155.3112.6135.2222.6

21027.510.48.19.932.7

214211.7210.883.9166.4160.2

21918.7111.845.710.929.6

224114.7241.8100160.9242.4

22569.463.8145.4110.9126.1

22692.195.536.374.567.2

30916.817.112.118.827.3

3324020.521116.6

3467.227.118.629.326.7

13b4

fa__EA40...._信号

SEQ191_VDX192_VDX193_VDX194_VDX195_VDX196_VDX197_VDX219_VDX220_VDX

ID862TT863TT864.TT865TT866TT867TT869TT907TT908TT

8326.924.456.7155.122.394.86341.9256

14216.122.414.554.817.115.81521.923.9

136235920.4121.412.588.477.147.136.8

13726.732.419.445.232.830.855.29763.4

15275.7189.4211.4320.419475.5314114.8260

160239.5101.491.3292.155.886.853.747.4145.4

16348.547.623.1168.335.413.451.513.560.4

16526.594.381.1197.9112.9164.6155.929.7250.4

21032.216.223.881.425.322.7140.515.5200.8

214119.9130.9141.7235.4263.730.4124.957241

21980.67.615.920.9251016.523.420.1

22450.925.8508032.699.7136.4137.5167

22566.741.464.469.518.194.751.151.6149.8

226762.83.599.188.618.360.66.411.6

3096.715.29.462.620.218.415.910.233.3

3329.636.910.891.110330.112.319.736.5

34625.116.520.889.534.220.918.311.3114.6

13b5

02014_...._信号

SEQ

ID40327_H133A_920TT40332_H133A_938TT40334_H133A_941TT40335_H133A_940TT

83216.8145.158.1102.1

14222.27.96.614.5

13671.730.147.957.1

1374748.169.157.4

152252.7189184.9138.7

160153.6179.9121.966.6

16353.31369.138.6

165146.9146.785.1120

2102459.121.523.8

21490.5224.7178.7139.3

21936.417.514.963.3

224180.2126.6154.2161

22559.7197.583.8115.7

22631.958.133.734.5

30927.17.76.215.6

33283.87.340.747.6

3461718.827.624.4

13b6

EA02014_...._信号

SEQ40374_H133A_940376_H133A_40377_H133A_40378_H133A40379_H133A_940380_H133A_

ID21TT923TT924TT_925TT26TT927TT

83174.432.769.186.667.7204.9

14213.719.816.557.722.918.9

13624.29.312.125.3190.416.3

13738.3143.428.277.5156.1255.2

152178.2230.8155237.4235.770

160125.2133.574.9197170.1234

16354.44.935.546.165.259.9

165218.9155.120685.6158.1532.5

21036.82520.625.819.8551.3

214126.7186.1167.2114.1191.9161.4

21932.325.515.310.295.618.5

224220.8301.9129.7178.8308.2270.9

225158221.8127.965.6269.460.6

22637.533.49.657.280.818.1

30926.11617.831.832.649.2

33226.338.56.711.673.521.6

34620.7151.421.619.2179.453.6

13b7

EA02014_...._信号

SEQ40387_H133A_40388_H133A_40389_H133A40390_H1340391_H13340392_H1340393_H133

ID955TT956TT_957TT3A_959TTA_960TT3A_961TTA_962TT

8329.1121.570.728.8121.6120.534

14216.714.210.821.418.616.521.9

13615.727.867.745.915.48.243

13728.544.834.55031.3162.218.5

15285.4163183.4127.1298.3193221.2

160121.951.9175137.4208.5125.9162.9

1634727.743.680.129.733.844.4

16542.2122.9103.8150.6253.3106.9221.6

21027.15.220.473.729.438.785

21436.468.3165.925.3129.8165.9100.9

21923.35129.125.76720.821

224143.895.1128.878.7108.8152109

225140.583.134.35462.8114.794.3

2264.324.784.147.733.366.113.3

30918.711.426.744.220.634.135.2

33211.1437.914.117.813.111.5

34621.822.112.835.738.729.610.1

13b8

ThyPapCan_02014_...._信号

40090_H140091_H140092_H140093_H140095_H140096_H140097_H140098_H140099_H1

SEQ33A_829T33A_830T33A_831T33A_832T33A_834T33A_835T33A_836T33A_837T33A_838T

IDTT@ICTTTTTT@I2T@I2

83304.3199.4258.5171.4112.3186.528.5137.185.9

1422634.722.419.116.425.812.122.515.4

136122.2116.621.727.330.7110.2143.814.1140.7

13740.77223.836.819.531.529.629.432.5

152611.5682.62362170.5200.6104136.4118155.9

160218.1244.7225.468.976.4137.383.2171.766.7

16317.8119.738.951.852.942.725.557.223.6

165370.6263.3353.8154.1165.1233.2100.4227.9213.3

210223.2249.83039.730.294.521.942.123.1

214178.4246.7155.4188.3138.6133.769298.690.8

21936.8136.464.924.319.125.911.713.623.8

224364.7427.6180191.1163.6211.536.2303.4164.5

225333.9213.5221124.6137.2195.146.9145.634.3

226179.21425715.413.791.833.5132.638

30988.8136.648.822.123.640.516.533.924.7

3329256.942.461.134.470.614.5108.160.8

34658.461197.13829.1281.537.530.833

13b9

信号

SEQ02014_40317_Hpc__EA40200_pc_EA40201_pc__EA40202_Vpc_EA40203_pc_EA40204_

ID133A_839TTVDX879TTVDX881TTDX882TTVDX883TTVDX884TT

83288.125.732.929.258.6184.4

14216.121.223.57.621.530.6

13662.8160.5141.28.713.219.4

13745.4155.535.563.941.531.1

152383.419790.6123.7188240

160142.979.7181.6205.4157.5137.8

16360.7102.6138.654.251.39.1

165238.4123.6227.1113.8224.6241.9

210134.1184.428.442.712.110

214189.217350164.7109.2250.7

21926.830.413.378.634.334.8

224215.8139.5255.396.9181.3163.2

225167.535.298.132.4221.454.3

22649.443.484.316.4141.327.2

309340.833.73222.829.845.9

33215.939.967.114.388.525.2

34614.337.936.533.528.737.4

13b10

pc__EA40....信号

SFQ

ID205_VDX885TT206_VDX886TT207_VDX890TT208_VDX892TT209_VDX893TT210VDX894TT

8322.981.534.1159.288.743.6

14226.422.68.710.818.523.6

13628.118.29.614.617.322.5

137207.794.468.883.717.8140.4

15277.3225.5227.595.5301.159.9

160294.5164.6110.384.5105.6163

163140.93425.99.341.983.5

165241.8101.4193.6161.9112.8190.6

210416.824.145.515.126.915.6

214323.3139.5148.2174.1104.5142.1

219131.81225.948.914.496.2

224215.3136.2126193.8195.467.1

22549.510554.297.43338.8

226181.155.234.1415125.1

30989.747.458.617.823.572.3

3327366.848.227.541.125.3

34613.6107.7145.312.718.320

13b11

02014_40...._信号

SE0

ID319_H133A_903TT320_H133A_904TT328_H133A_928TT330_H133A_932TT331_H133A_933TT

8358.3226.692.779.2106.8

14214.5118.37.4813

13618.98729.486.99.3

13724.4174.525.7135.931.8

152178.1137.4176.6151.1166.2

16083.220593.5103.673.3

16331.5100.219.240.533.4

165223.6235.9161.5132.8132

21035.599.916.4124.917

214118.817825.6115.6117

21915.180.227.754.238.2

224174.5323.7223.3203185.3

225170.3200.3180.3157.3157.2

22665.226.925.24.635.7

30911.1270.715.991.518.6

3321277.415.17.27.3

34630.4387.225.4204.414.7

13b12

EA02014_403...._信号

SEQ

ID75_H133A_922TT381_H133A_945TT382_H133A_946TT383_H133A_947TT384_H133A_948TT

8388.122.1193.5166.973.7

1421219.613.221.616.9

13611.812.35246.7107.9

13751.3182.243423.914.5

152341139248.1299.584.2

16095.610299.5184.690.4

16377.641.625.951.74.9

165254.863.5172.6209.281.1

2108.878.828.84492.5

2147994.5148.7101.782.7

21922.731.863.923.818.1

224190.5194.7212278.9201.1

22548.8135.546.8274.497.5

226202490.845.38.8

30930.519529.753.437.9

33210.44.29.27544

34619.1298.135.4251.237.2

13b13

ThyFolCan_02014_400...._信号

SEQ

ID84_H133A_823TT85_H133A_824TT86_H133A_825TT88_H133A_827TT89_H133A_828TT

8324270.171.224.8145.4

14219.812.535.717.719.6

13635.72159.420.39

13786.123.7116.318.248.6

152271.9199.6213.1140.9202.5

160134.5134.1415.1162.4154

16364.546.182.115.557.8

165189.3222.6239223.8145.3

2108.8236.35021.833.8

21433.171.3121.6157.3100.8

21924.864.882.114.160.2

22421396.4371.4159.192.8

225164.9103.3224.4145.298.3

22610.352430.521.6

3091533.338.414.919.5

33277.655.7124.110.684.5

34639124.631.529.521.3

13b14

信号

SE002014_40318_fc__EA40212fc__EA40214fc__EA40215fc__EA40216fc__EA40217fc__EA40218

IDH133A_840TT_VDX896TT_VDX898TT_VDX899TT_VDX900TT_VDX901TT_VDX902TT

83189.9110.751.435.8104.622.844.7

14218.920.5246.218.520.725.828.6

13622.6105.221.320.333.624.524.4

13732.340.646.333.823.990.648.5

152306216.1317.8169.4154.6169.3374.5

16099.5197.5240.468.7146.7210.5196.7

16352.129.770.775.313.625.159.3

165236.7142.2147168174.228.589.4

21026.5108.839.925.542.21124.4

214115.163.959129.9150.1194.1218.2

21916.246.262.739.442.192.339.4

224203.9194.6321.6225.2238212.5187.3

22519853.682.852.5250.77253.5

2263157.3111.566.724.84179.9

30917.240.244.34320.221.363.8

33251.426.5129.17.85.637.831.6

3461127.821.619.4320.224.3210.6

13b15

信号

fc__EA40fc__EA40EA02014_40EA02014_4

SEQ221_VDX222_VDX386_H133A_0394_H133EA02014_40395EA02014_40396EA02014_40397

ID909TT910TT954TTA_967TT_H133A_968TT_H133A_969TT_H133A_970TT

83312.230.6105.242.247.924.446.5

14217.89.941.730.511.816.725.7

13663.187.53829.7206.610.199.2

137170.4111.778.632.120.529.418.2

152624.7121215.4212.7160.9216.7214.3

160257.930.5247.6161.6192.187.9538.8

16321.62743.550.756.972.448.7

165251.910592.7136.3166.5123.8180.7

2103437.14943.921.17.4167.3

214257.9176.9168.469.9113.6140.114

219117.725.943.242.12412.657.9

22455.1150176.9280.1184.5194.4374.4

225205.842.366.7320.32766.254.6

22684.914.8148.62647.636.921.7

309745.69.753.64223.514.671

33215.97.669.910.363.613.326.8

346482554.7142.673.616.679.7

13b16

信号

EQEA02014_40405_H133EA02014_40406_H133A_98

DA_982TT3TTpb1pb2pb3pb4pb5′

8358.137.8524.7768.1855.61163.9876.3

14219.437.41289.31088.9659.7732.61415

13694.2111770.11622.7523979.3617.3

13717.6111.2187125541313.7781.12087.1

152255.837.69696.49404.81099.89900.77060

16054.7347.11273.21171.6907937.4926.2

16332.959.7833682.5559.6358.6467.8

16571.8232.21217.8986.31278.92537.11464.3

2105.233.234012546.6756.348931770.8

214212.61651384.31540636.7656.51213.9

21914.143.61692.61911.79122112.21417.9

224137228.22481.33104.21905.42292.42242.7

225109.6153.42367.82860.81887.62052.62116.6

22641.611797.2969.9617.1626.6920

30920.730.65357.559043572.66641.93580.9

3326.860.2258.8304.2110.1255.3363.3

3462757.31584.21705.71507.51626.31587.1

13b17

信号

SEQ

IDpb6′pb7′pb8′pd10pd11pd12pd9

83818.3333.4692.1709.8699.7926.2534.7

1421287.9565.22004.2821.9904.81619.6282.5

1361039962.21013.51147.9840.9599.8284

1371881.4667.82058.12182.11678.91632.9912.1

1523657.720252993.511129.511824.211963.51607

1601154.5301.4473.21849.51424.7660242

163628.56534.31863.4148.7247.4230.24365.5

1651485.28891904.71404.21560.41123.61919.6

2102729.4595.15286.87026.53861.81028.81724.8

214871.1442.3644.5936.1939.1852347.7

2191216.7411.6959.71085.91974.41580.2245.9

2242039.11488.31844.22280.12823.41252.31246.6

2252214.81494.621861961.12628.31184.11230.7

226822.2437.3684.5540.5839.51062.8273.7

3093787.21401.535373522.14518.15118.1931.7

332218.7630.6462.4168.4220.4242.2322.8

3461682.49092317.61193.51748.92159622.7

表14对照基因

血液的对照基因

SEQIDNO：基因名称

142骨髓基质细胞抗原1(BST1)

219白细胞免疫球蛋白-样受体-6b(LIR-6)

309桥接综合者2(BIN2)

甲状腺的对照基因

9富含半胱氨酸的、生血管的诱导物，61(CYR61)

12含硒蛋白P，血浆，1(SEPP1)

18胰岛素-样生长因子-结合蛋白4(IGFBP4)

表15a

SEQIDBN_800TTBN_801TT8N_802TTBN_804TTBN_805TTBN_806TTBN_807TT

14228.37.91528.426.925.814.2

21921719.67.985.621.826.7115.1

309257.720.620.775.519.224833.9

BN_871TTBN_913TTBN_914TT8N_915TTFA_917TTFA_918TTFA_919TT

14225.322.512.934.48.520.667.7

21956.653.545.2122.124.412441.3

30937.93728.25310.232.624.2

FA_818TTFA_819TTFA_820TTFA_821TTFA_822TTFA_842TTFA_862TT

1421520.218.818.4231016.1

21918.7111.845.710.929.628.980.6

30916.817.112.118.827.315.26.7

FA_863TTFA_864TTFA_865TTFA_866TTFA_867TTFA_869TTFA_907TT

14222.414.554.817.115.81521.9

2197.615.920.9251016.523.4

30915.29.462.620.218.415.910.2

Fa_EA40374Fa_EA40376

FA_908TTFA_920TTFA_938TTFA_940TTFA_941TT_921TT_923TT

14223.922.27.96.614.513.719.8

21920.136.417.514.963.332.325.5

30933.327.17.76.215.626.116

BN_EA40377Fa_EA40378Fa_EA40379BN_EA40380Fa_EA40387Fa_EA40388Fa_EA40389

_924TT_925TT_926TT_927TT_955TT_956TT_957TT

14216.557.722.918.916.714.210.8

21915.310.295.618.523.35129.1

30917.831.832.649.218.711.426.7

Fa_EA40390_Fa_EA40391Fa_EA40392Fa_EA40393_

959TT_960TT_961TT962TTPC_829TTPC_830TTPC_831TT

14221.418.616.521.92634.722.4

21925.76720.82136.8136.464.9

30944.220.634.135.288.8136.648.8

PC_832TTPC_834TTPC_835TTPC_836TTPC_837TTPC_838TTPC_839TT

14219.116.425.812.122.515.416.1

21924.319.125.911.713.623.826.8

30922.123.640.516.533.924.7340.8

PC_879TTPC_881TTPC_882TTPC_883TTPC_884TTPC_885TTPC_886TT

14221.223.57.621.530.626.422.6

21930.413.378.634.334.8131.812

30933.73222.829.845.989.747.4

PC_890TTPC_892TTPC_893TTPC_894TTPC_903TTPC_904TTPC_928TT

1428.710.818.523.614.5118.37.4

21925.948.914.496.215.180.227.7

30958.617.823.572.311.1270.715.9

Pc_EA40375Pc_EA40381_Pc_EA40382Pc_EA40383Pc_EA40384

PC_932TTPC_933TT_922TT945TT_946TT_947TT_948TT

1428131219.613.221.616.9

21954.238.222.731.863.923.818.1

30991.518.630.519529.753.437.9

FC_823TTFC_824TTFC_825TTFC_827TTFC_828TTFC_840TTFC_896TT

14219.812.535.717.719.618.920.5

21924.864.882.114.160.216.246.2

3091533.338.414.919.517.240.2

FC_898TTFC_899TTFC_900TTFC_901TTFC_902TTFC_909TTFC_910TT

142246.218.520.725.828.617.89.9

21962.739.442.192.339.4117.725.9

30944.34320.221.363.8745.69.7

Fc_EA40386_Fc_EA40394Fc_EA40395Fc_EA40396_Fc_EA40397Fc_EA40405Fc_EA40406

954TT_967TT_968TT969TT_970TT982TT983TT

14241.730.511.816.725.719.437.4

21943.242.12412.657.914.143.6

30953.64223.514.67120.730.6

pb1_Slgnalpb2_Slgnalpb3_Slgnalpb4_Slgnalpb5′_Slgnalpb6′_Signalpb7′_Slgnal

1421289.31088.9659.7732.614151287.9565.2

2191692.61911.79122112.21417.91216.7411.6

3095357.559043572.66641.93580.93787.21401.5

pb8′_Slgnalpd10_Slgnalpd11_Slgnalpd12_Slgnalpd9_Signal

1422004.2821.9904.81619.6282.5

219959.71085.91974.41580.2245.9

30935373522.14518.15118.1931.7

表15b

SEQ信号

IDPC_984TTPC_986TTFA_987TTPC_988TTPC_989TTFA_992TTFA_993TT

14225.1125.818.511.413.711.8113.6

21917.525.722.611.332.461.925.2

30927.6661.815.747.429.833.228.4

FA_994TTFA_995TTFA_996TTFA_998TTFA_999TTFA_1001TTFA_1002TT

14220.625.234.121.831.412.774.6

21925.936.341.524.916.426.525.5

30916.826.319.422.514.632.347.7

FA_1004TTFA_1005TTFA_1006TTFA_1010TTFA_1013TTFA_1014TTFA_1017TT

14224.720.167.714.948.929.826.9

21927.511.753.3112.935.139.527.2

30939.510.334.683.246.82025.7

FA_1018TTFA_1020TTFA_1023TTFA_1024TTFA_1026TTFA_1027TTFA_1028TT

14225.125.535.626.927.915.224.5

21966.3266.12659.318.831.7

3093137.420.646.951.48.833.3

FA_1029TTFA_1030TTFA_1031TTFA_1032TTFA_1034TTFA_1035TTFC_1037TT

14210.6142021.631.917.117.8

21912.533.515.11568.525.663.5

30920.71321.532.252.624.626.2

PC_1042TPC_1043T

PC_1039TTPC_1040TTPC_1041TTTTPC_1044TTPC_1045TT

14216.122.799.5129.820.779.216.4

21927.929.523.62921.519.838.4

309585.337.648.74132.859.2112.3

PC_1049TPC_1050TPC-

PC_1046TTPC_1047TTPC_1048TTTTPC_1051TTFV_1052TT

14222.481.224.737.525.926.626.4

21911.197.561.814.914.7109.130.6

30922.5207.835.46439.556.728.2

PC_1059TPC_1060T

PC_1053TTPC_1054TTPC_1055TTTTPC_1061TTPC_1062TT

14212.818.524.422.724.615.825.6

21912.619.610.224.582.653.720.7

30920.422.12418.932.354.529.1

PC-PC-PC-PC-PC-

PC-FV_1064TTPC-FV_1065TTFV_1066TTFV_1067TTFV_1068TTFV_1069TTFV_1071TT

14216.711.325.517.417.51416.7

219174.420.3132.424.812.314.818.8

30930.4169.649.416.9135.518.17.6

PC-FV_1072TTFA_1073TTFA_1074TTFA_1075TTFA_1076TTFC_1077TTFC_1078TT

1421425.522.72716.415.838.9

2198.773.25754.369.92017.1

30929.9145.4215324.39.132.9

PC-FC_1082T

FC_1079TTPC-FV_1080TTFV_1081TTpb1pb2pb3

14231.910.22219.51289.31088.9659.7

21940.117.438.388.11692.61911.7912

30927.123.440.812.95357.559043572.6

pb4pb5′pb6′pb7′pb8′pd10pd11

142732.614151287.9565.22004.2821.9904.8

2192112.21417.91216.7411.6959.71085.91974.4

3096641.93580.93787.21401.535373522.14518.1

pd12pd9

1421619.6282.5

2191580.2245.9

3095118.1931.7

F.对对照基因标准化的标记

作为基因芯片数据标准化算法，通过将这些基因对3个选择的甲状 腺对照基因进行标准化，我们进一步检查了我们的5-基因和4-基因标 记。3个甲状腺对照基因的平均荧光强度用于标记基因信号标准化。当 标准化这2个标记时，轻微改进了2个标记的性能。在表16中列出了2 个标记的灵敏性和特异性，且在图4a和4b中显示了ROC曲线。

表16.对对照基因标准化的4-基因和5-基因标记的性能

4-基因标记

肿瘤良性

阳性3311

阴性327

灵敏性92％(0.78，0.97)

特异性71％(0.55，0.83)

5-基因标记

肿瘤良性

阳性338

阴性330

灵敏性92％(0.78，0.97)

特异性79％(0.64，0.89)

G.使用二轮扩增的探针的标记验证

为了测定FNA样品是否缺少在一轮扩增后提供足够用于杂交 AffymetrixU133a基因芯片的探针材料的足够甲状腺细胞，我们使用在 74个独立验证样品集合中的47个样品，进行靶RNA的二轮扩增。得到 的数据表明，5-基因和4-基因标记的性能与一轮或二轮扩增相同。在图 5a、5b、5c和5d中，显示了具有2个不同靶制剂的2个基因标记的ROC 曲线。

实施例4

独立样品的交叉验证

A.83个独立的新鲜冷冻的甲状腺样品的交叉验证

处理了83个独立的甲状腺样品，并用U133a芯片进行概况分析。 在表17中列出了每个种类的样品数。

表17.用于标记验证的新鲜冷冻的样品收集

样品类型样品数

滤泡性腺瘤18

滤泡性甲状腺癌1

乳头状癌，滤泡性变体18

乳头状甲状腺癌11

腺瘤样结节18

腺瘤样结节w/Hashimoto1

多结节增生16

使用与训练集合相同的截止值，用LDA评估4-基因标记和5-基因 标记的性能。2个标记在这些样品中产生等价的性能，且它们与98个训 练集合中的性能相当。在表18中显示了2个标记的灵敏性和特异性， 且在图6a和6b中显示了ROC曲线。

表18.83个验证样品中的4-基因和5-基因标记性能

4-基因标记

肿瘤良性

阳性2011

阴性1042

灵敏性67％(0.49，0.81)

特异性79％(0.67，0.88)

5-基因标记

肿瘤良性

阳性2424

阴性629

灵敏性80％(0.63，0.90)

特异性55％(0.41，0.67)

B.使用47细针抽吸(FNA)甲状腺样品的标记验证

处理了47个甲状腺FNA样品，并用U133a芯片进行概况分析。在 表19中列出了每个种类的样品数。

表19.用于标记验证的FNA样品收集

样品类型样品数

滤泡性腺瘤10

滤泡性甲状腺癌2

乳头状癌，滤泡性变体3

乳头状甲状腺癌13

腺瘤样结节10

腺瘤样结节w/Hashimoto1

多结节增生8

用LDA模型评估了4-基因标记和5-基因标记的性能。2个标记在 FNA样品中产生等价的性能，且它们与98个训练集合中的性能相当。 在表20中显示了2个标记的灵敏性和特异性，且在图7a和7b中显示 了ROC曲线。

表20.47个FNA样品中的4-基因和5-基因标记性能

4-基因标记

肿瘤良性

阳性154

阴性325

灵敏性94％(0.74，0.99)

特异性62％(0.44，0.77)

5-基因标记

肿瘤良性

阳性1710

阴性119

灵敏性94％(0.74，0.99

特异性66％(0.47，0.80)

C.28个配对的新鲜冷冻的和FNA甲状腺样品中的标记性能

在83个新鲜冷冻的和47个FNA样品收集中，存在来自相同患者 的28个样品。我们的标记在这些配对样品中的直接对比，证实了标记 将如何好地转化为最终的分子测定。用LDA模型评估了4-基因标记和 5-基因标记的性能。2个标记在新鲜冷冻的和FNA样品中产生等价的性 能。这些结果证实，我们的4-基因和5-基因标记可以在2个样品类型中 表现得同样好，并证实使用新鲜冷冻的样品进行基因/标记鉴别的方法是 有效的。在表21中显示了2个标记的灵敏性和特异性，且在图8a和8b 中显示了ROC曲线。

表21.28个匹配的新鲜冷冻的和FNA样品中的4-基因和5-基因标记性 能 4-基因标记

新鲜冷冻的FNA

5-基因标记

新鲜冷冻的FNA

实施例5

实时定量RT-PCR

样品采集：

为了确定基因概况和/或对照的子集是否会产生足够的RT-PCR特 异性和灵敏性，进行了下述实验。下述实验具有只需要一轮RNA扩增 的优点。

在我们的研究中，分析了共107个甲状腺活组织检查：26个滤泡性 腺瘤、23个滤泡性癌、38个乳头状癌、5个正常、3个乳头状癌滤泡性 变体、3个Hashimoto甲状腺炎、2个微滤泡性(microfollicular)腺瘤、1 个弥漫性甲状腺肿、1个具有乳头状增生的甲状腺肿、1个Hurthle细胞 腺瘤、1个具有乳头状结构的增生、1个多结节甲状腺肿、1个嗜酸瘤细 胞增生、1个甲状腺炎。根据生产商的说明书，使用Trizol试剂，提取 总RNA分离。使用Gene-Spec(Hitachi)分光光度计，通过260nm吸光 度读数，测定RNA浓度。在-80℃在无RNA酶的水中保藏分离的RNA 备用。

引物和探针设计：

使用Oligo6.0和甲状腺癌状态标记的Genebank序列，设计引物和 水解探针(表22)。将这些引物和探针集合这样设计，从而引物的退火温 度是62℃，探针更高5-10℃，且扩增子大小为100-150bp。通过在外显 子-内含子剪接位点周围设计我们的引物，排除基因组DNA扩增。使用 FAM作为报告染料，在5’核苷酸处标记水解探针，且使用TAMRA作 为猝灭染料，在3’核苷酸处标记水解探针。

实时定量RT-PCR：

使用TaqMan一步RT-PCR主混合物(2x)(AppliedBiosystems)和 ABIPrism7900HT序列检测系统(AppliedBiosystems)，进行21个甲状腺 癌状态基因和持家基因的基因特异性的实时定量RT-PCR扩增。在25μl 一步反应中，将总RNA(10ng)加入含有下述物质的混合物中：1xRT-PCR 主混合物、0.25U/μlMultiscribe酶、0.6uM引物和0.25μM探针。循环 参数是，48℃30分钟和95℃10分钟，随后是95℃15秒和62℃1 分钟的40个循环。通过测量每个循环退火阶段结束时的荧光信号，实 现实时PCR监控。将达到荧光阈值的循环数定义为循环阈值(Ct值)。 为了使样品中RNA的完整性引起的误差最小化，扩增作为内部参照的 β-肌动蛋白mRNA。通过10-倍系列稀释已知甲状腺癌阳性的RNA，制 备外部标准，并用于确保我们整个测定中的线性。将结果表达为平均 Ct值，且排除具有大于1的标准差的样品。结果参见表23a、23b、23c、 24a和24b。

数据表明，表23b所示的2个基因标记的灵敏性和特异性不如它所 来源的4-基因标记。表24表明，PAX8基因在RT-PCR反应中用作甲状 腺-特异性的组织的对照，在RT-PCR反应中是有效的。

尽管为了清楚理解的目的，已经借助于描述和实施例详细描述了前 述发明，但所述描述和实施例不应当理解为限制本发明的范围。

表25

序列鉴别

SEQ NO： psid 名称 登记号 描述 1 200635_s_at AU145351 Hs.75216prot酪氨酸磷酸酶， rec.类型，F 2 200771_at NM_002293 层粘连蛋白，γ1 3 201069_at NM_004530 基质金属蛋白酶2 4 201117_s_at CPE NM_001873 羧肽酶E 5 201150_s_at NM_000362 组织金属蛋白酶抑制剂3 6 201185_at NM_002775 蛋白酶，丝氨酸，11 7 201203_s_at AI921320 核糖体结合蛋白1 8 201212_at NM_005606 半胱氨酸蛋白酶 9 201289_at CYR61 NM_001554 富含半胱氨酸的、生血管的诱导 物，61 10 201292_at NM_001067 拓扑异构酶(DNA)IIα 11 201418_s_at SOX4 NM_003107 SRY(性别决定区Y)-框4 12 201427_s_at SEPP1 NM_005410 含硒蛋白P，血浆，1 13 201430_s_at DPYSL3 NM_001387 二氢嘧啶酶-样3 14 201431_s_at DPYSL3 NM_001387 二氢嘧啶酶-样3 15 201438_at COL6A3 NM_004369 胶原，类型VI，α3 16 201474_s_at ITGA3 NM_002204 整联蛋白，α3转录物变体a 17 201505_at LAMB1 NM_002291 层粘连蛋白，β1 18 201508_at IGFBP4 NM_001552 胰岛素-样生长因子-结合蛋白4 19 201525_at APOD NM_001647 载脂蛋白D 20 201645_at HXB NM_002160 hexabrachion(生腱蛋白C，腱 生蛋白) 21 201650_at KRT19 NM_002276 角蛋白19 22 201667_at GJA1 NM_000165 间隙连接蛋白，α1，43kD(连接 蛋白43) 23 201744_s_at LUM NM_002345 腔蛋白聚糖

24 201792_at AEBP1 NM_001129 AE-结合蛋白1 25 201852_x_at AI813758 胶原，类型III，α1 26 201893_x_at AF138300 饰胶蛋白聚糖变体A 27 201983_s_at AW157070 表皮生长因子受体 28 202133_at AA081084 转录辅激活物wPDZ-结合基 序 29 202219_at SLC6A8 NM_005629 溶质载体家族6，成员8 30 202237_at NNMT NM_006169 烟酰胺N-甲基转移酶 31 202286_s_at NM_002353 肿瘤-相关钙信号转导物2 32 202291_s_at NM_000900 基质Gla蛋白 33 202310_s_at NM_000088 I类前胶原的前α1(I)链 34 202350_s_at MATN2 NM_002380 胞外基质蛋白2前体，转录物变 体1 35 202357_s_at BF NM_001710 B-因子，备解素 36 202363_at AF231124 睾丸蛋白聚糖-1 37 202376_at SERPINA3 NM_001085 Ser(或Cys)蛋白酶抑制进化枝 A成员3 38 202404_s_at COLlA2 NM_000089 胶原，类型I，α2 39 202440_s_at NM_005418 肿瘤发生抑制5 40 202504_at ATDC NM_012101 共济失调-毛细血管扩张症组D- 相关蛋白 41 202575_at CRABP2 NM_001878 细胞视黄酸-结合蛋白2 42 202588_at AK1 NM_000476 腺苷酸激酶1 43 202712_s_at CKMT1 NM_020990 肌酸激酶，线粒体1 44 202796_at KIAA1029 NM_007286 突触足蛋白 45 202826_at SPINT1 NM_003710 丝氨酸蛋白酶抑制剂，Kunitz1 型 46 202834_at SERPINA8 NM_000029 Ser(或Cys)蛋白酶抑制剂，进 化枝A成员8 47 202898_at KIAA0468 NM_014654 KIAA0468基因产物 48 202992_at C7 NM_000587 补体组分7

49 203021_at SLPI NM_003064 分泌性白细胞蛋白酶抑制剂 50 203083_at THBS2 NM_003247 血小板反应蛋白2 51 203180_at ALDH1A3 NM_000693 醛脱氢酶1家族，成员A3 52 203228_at PAFAH1B3 NM_002573 血小板活化因子乙酰基水解酶， 同工型Ib，γ亚基 53 203256_at CDH3 NM_001793 钙粘着蛋白3，类型1，P-钙粘 着蛋白(胎盘) 54 203349_s_at ETV5 NM_004454 ets变体基因5(ets-相关的分 子) 55 203352_at ORC4L NM_002552 起点识别复合物，亚基4-样 56 203354_s_at NM_015310 57 203381_s_at NM_000041 58 203382_s_at APOE NM_000041 载脂蛋白E 59 203407_at PPL NM_002705 斑周蛋白 60 203417_at MFAP2 NM_017459 微原纤维-相关蛋白2，反式变 体1 61 203438_at NM_003714 司腺钙蛋白2 62 203453_at SCNN1A NM_001038 钠通道，非电压-门控的1α 63 203499_at EPHA2 NM_004431 EphA2 64 203548_s_at NM_000237 脂蛋白脂肪酶 65 203570_at LOXL1 NM_005576 赖氨酰氧化酶-样1 66 203632_s_at GPRC5B NM_016235 G蛋白-偶联的受体，家族C，组 5，成员B 67 203673_at TG NM_003235 甲状腺球蛋白 68 203699_s_at NM_013989 类型II碘化甲腺氨酸脱碘酶 69 203700_s_at DIO2 NM_013989 脱碘酶，碘化甲腺氨酸，类型 II，反式变体1 70 203786_s_at TPD52L1 NM_003287 肿瘤蛋白D52-样1 71 203851_at IGFBP6 NM_002178 胰岛素-样生长因子结合蛋白6 72 203854_at IF NM_000204 I因子(补体) 73 203859_s_at PALM NM_002579 paralemmin

74 203875_at NM_003069 染色质亚家族a成员1的 SWISNF相关的、基质结合的、 肌动蛋白dep调节剂 75 203881_s_at NM_004010 肌养蛋白，包括DXS142， DXS164，DXS206，DXS230， DXS239，DXS268，DXS269， DXS270，DXS272(DMD)，转录 物变体Dp427p2 76 203889_at SGNEl NM_003020 分泌颗粒，神经内分泌蛋白1 77 203911_at RAP1GAl NM_002885 RAP1，GTP酶激活蛋白1 78 203934_at KDR NM_002253 激酶插入域受体 79 203986_at GENX-341 4 NM_003943 genethonin1 80 204105_s_at NRCAM NM_005010 神经元细胞粘附分子 81 204124_at NaPi-IIb AF146796 Na依赖型磷酸转运蛋白同工型 82 204149_s_at GSTM4 NM_000850 谷胱甘肽S-转移酶M4 _ 83 204152_s_at AI738965 狂躁边缘(果蝇(Drosophila))同 源物 84 204154_at CD01 NM_001801 半胱氨酸双加氧酶，类型I 85 204259_at MMP7 NM_002423 基质金属蛋白酶7(基质溶素， 子宫的) 86 204260_at CHGB NM_001819 嗜铬粒蛋白B(分泌粒蛋白1) 87 204268_at S100A2 NM_005978 S100钙-结合蛋白A2 88 204288_s_at ARGBP2 NM_021069 ArgAb1-相互作用蛋白ArgBP2， 反式变体2 89 204298_s_at LOX NM_002317 赖氨酰氧化酶 90 204337_at NM_005613 G-蛋白信号传导调节剂4 91 204416_x_at APOC1 NM_001645 载脂蛋白C-I 92 204424_s_at NM_018640 神经元特异性的转录因子 DAT1 93 204433_s_at NM_006038 精子发生相关的PD1

94 204442_x_at LTBP4 NM_003573 潜在转化GFβ结合蛋白4 95 204452_s_at NM_003505 frizzled1 96 204476_s_at PC NM_022172 丙酮酸羧化酶 97 204503_at EVPL NM_001988 外被斑蛋白 98 204591_at CHL1 NM_006614 细胞粘附分子w/与LlCAM同 源物L1同源 99 204600_at EPHB3 NM_004443 EphB3 100 204623_at TFF3 NM_003226 三叶因子3(肠的) 101 204625_s_at NM_000212 整联蛋白，β3(血小板糖蛋白 IIIa，CD61) 102 204697_s_at CHGA NM_001275 嗜铬粒蛋白A 103 204741_at BICD1 NM_001714 双尾的D(果蝇)同源物1 104 204753_s_at HLF NM_002126 肝白血病因子 105 204754_at HLF NM_002126 肝白血病因子 106 204755_x_at HLF NM_002126 肝白血病因子 107 204787_at Z39IG NM_007268 Ig超家族蛋白 108 204797_s_at EMAPL NM_004434 棘皮动物微管-相关蛋白样 109 204869_at AL031664 DNAseqRP4-531H16chrom 20p11.22-12 110 204870_s_at PCSK2 NM_002594 蛋白原转变酶subtilisinkexin 类型2 111 204933_s_at TNFRSF11 B NM_002546 TNFR超家族，成员11b 112 204934_s_at HPN NM_002151 hepsin(跨膜蛋白酶，丝氨酸1) 113 204944_at PTPRG NM_002841 蛋白酪氨酸磷酸酶受体类型G 114 204964_s_at SSPN NM_005086 sarcospan(Kras癌基因-相关基 因) 115 204975_at EMP2 NM_001424 上皮膜蛋白2 116 204990_s_at ITGB4 NM_000213 整联蛋白，β4 117 205051_s_at KIT NM_000222 v-kitHardy-Zuckerman4猫肉瘤 病毒癌基因同源物

118 205110_s_at FGF13 NM_004114 成纤维细胞生长因子13 119 205153_s_at TNFRSF5 NM_001250 TNFR超家族，成员5 120 205168_at DDR2 NM_006182 网柄菌凝素域受体家族，成员2 121 205258_at INHBB NM_002193 抑制素，βB(激活蛋白ABβ 多肽) 122 205286_at NM_003222 转录因子AP-2γ 123 205325_at KIAA0273 NM_014759 KIAA0273基因产物 124 205336_at PVALB NM_002854 小清蛋白 125 205402_x_at PRSS2 NM_002770 蛋白酶，丝氨酸，2(胰蛋白酶2) 126 205413_at C11ORF8 NM_001584 染色体11可读框8 127 205455_at MSTlR NM_002447 巨噬细胞刺激1受体 128 205470_s_at KLK11 NM_006853 激肽释放酶11 129 205479_s_at PLAU NM_002658 纤溶酶原激活物，尿激酶 130 205481_at ADORA1 NM_000674 腺苷A1受体 131 205485_at RYR1 NM_000540 兰诺定受体1(骨骼的) 132 205490_x_at 连接蛋白 31 NM_024009 间隙连接蛋白，β3，31kD 133 205531_s_at GA NM_013267 乳腺细胞谷氨酰胺酶 134 205593_s_at PDE9A NM_002606 磷酸二酯酶9A 135 205614_x_at MST1 NM_020998 巨噬细胞刺激1 136 205627_at NM_001785 胞苷脱氨酶 137 205639_at NM_001637 酰氧基酰基水解酶 138 205683_x_at TPSB1 NM_003294 类胰蛋白酶β1 139 205689_at KIAA0435 NM_014801 KIAA0435基因产物 140 205700_at RODH NM_003725 氧化的3α羟基类固醇脱氢酶； 视黄醇脱氢酶；3-羟基类固醇差 向异构酶 141 205710_at LRP2 NM_004525 低密度脂蛋白-相关蛋白2 142 205715_at BST1 NM_004334 骨髓基质细胞抗原1 143 205717_x_at NM_002588 原钙粘着蛋白γ亚家族C，3

144 205728_at AL022718 来自染色体Xq25上的克隆 1052M9的DNA序列 145 205747_at CBLN1 NM_004352 小脑肽1前体 146 205778_at KLK7 NM_005046 激肽释放酶7(chymotryptic， 角质层) 147 205858_at NGFR NM_002507 神经生长因子受体 148 205927_s_at CTSE NM_001910 组织蛋白酶E 149 205980_s_at ARHGAP8 NM_015366 RhoGTP酶激活蛋白8 150 206002_at GPR64 NM_005756 G蛋白-偶联的受体64 151 206114_at EPHA4 NM_004438 EphA4 152 206390_x_at NM_002619 血小板因子4 153 206594_at KIAA0135 NM_015148 KIAA0135蛋白 154 206595_at CST6 NM_001323 半胱氨酸蛋白酶抑制剂EM 155 206714_at ALOX15B NM_001141 花生四烯酸15-脂加氧酶，第2 型 156 206757_at PDE5A NM_001083 磷酸二酯酶5A，cGMP-特异性 的 157 206866_at CDH4 NM_001794 钙粘着蛋白4，类型1，R-钙粘 着蛋白(视网膜的) 158 206884_s_at SCEL NM_003843 sciellin 159 206912_at FOXE1 NM_004473 forkheadboxE1(甲状腺转录因 子2) 160 207111_at NM_001974 egf-样模块cont.，粘蛋白-样， 激素rec-样seq1 161 207144_s_at CITED1 NM_004143 Cbpp300-相互作用反式激活蛋 白，具有富含GluAsp的羧基末 端域，1 162 207173_x_at NM_001797 OB-钙粘着蛋白-1 163 207674_at FCAR NM_002000 IgA的Fc片段 164 207695_s_at IGSF1 NM_001555 免疫球蛋白超家族，成员1 165 207795_s_at CD94 AB009597

166 207826_s_at ID3 NM_002167 DNA结合抑制剂3，显性负螺 旋-环-螺旋蛋白 167 207923_x_at PAX8 NM_013953 配对框基因8 168 208396_s_at PDElA NM_005019 磷酸二酯酶1A，钙调蛋白-依 赖型 169 208451_s_at C4B NM_000592 补体组分4B 170 208712_at PRAD1 M73554 细胞周期蛋白D1 171 208747_s_at NM_001734 亚组分C1s，α-和β-链 172 209021_x_at BC001331 类似于KIAA0652基因产物 173 209035_at NM_002391 中期因子 174 209071_s_at AF159570 G-蛋白信号传导调节剂5 175 209079_x_at AF152318 原钙粘着蛋白γAl 176 209173_at NM_006408 推定的分泌蛋白XAG 177 209208_at NM_004870 克隆015e11My008蛋白 178 209228_x_at NM_006765 推定的前列腺癌肿瘤抑制剂 179 209270_at LAMB3 NM_000228 层粘连蛋白SB3链 180 209280_at NM_006039 染色体17未知产物mRNA 181 209291_at NM_001546 DNA结合抑制剂4，显性负螺 旋-环-螺旋蛋白 182 209297_at ITSN AF114488 交叉蛋白短同工型 183 209335_at AI281593 184 209365_s_at ECM1 NM_004425 胞外基质蛋白1 185 209386_at AI346835 跨膜4超家族成员1 186 209485_s_at ORP1 AF274714 氧固醇-结合蛋白-相关蛋白 187 209496_at BC000069 视黄酸受体响应物2 188 209505_at NM_005654 核受体亚家族2，组F，成员1 189 209506_s_at BC004154 核受体亚家族2，组F，成员I 190 209529_at AF047760 磷脂酸磷酸水解酶类型-2c 191 209596_at AF245505 adlican 192 209598_at KIAA0883 AB020690 KIAA0883蛋白

193 209652_s_at BC001422 类似于胎盘生长因子，血管内 皮生长因子-相关蛋白 194 209691_s_at BC003541 假定蛋白FLJ10488 195 209739_s_at AI814551 GS2基因 196 209772_s_at X69397 细胞表面抗原 197 209781_s_at T-Star AF069681 T-Star 198 209792_s_at BC002710 激肽释放酶10 199 209810_at SP-B J02761 肺表面活性剂-相关蛋白B 200 209897_s_at AF055585 神经性胞外slit蛋白Slit2 201 209924_at AB000221 小诱导型细胞因子亚家族A (Cys-Cys)，成员18，肺的/激活 -reg 202 209946_at U58111 FLT4配体 203 209990_s_at NM_005458 GABA-B受体 204 210051_at cAMP-GEF I U78168 cAMP-调节的鸟嘌呤核苷酸交 换因子I 205 210055_at NM_000369 甲状腺刺激激素受体 206 210072_at NM_006274 β趋化因子Exodus-3 207 210078_s_at L39833 K+通道β亚基 208 210096_at NM_000779 肺细胞色素P450(IV亚家族) BI 209 210298_x_at FHL1 AF098518 4和1/2LIM域1蛋白同工型B 210 210321_at M36118 细胞毒素丝氨酸蛋白酶-C 211 210342_s_at TPO NM_000547 甲状腺过氧化物酶 212 210372_s_at TPD52L2 AF208012 肿瘤蛋白D52-样2 213 210397_at U73945 β-防卫素-1 214 210401_at U45448 P2x1受体 215 210471_s_at U33428 K+通道β1a亚基mRNA，可 变接合的 216 210473_s_at p58GTA M37712 半乳糖基转移酶相关蛋白激酶 217 210605_s_at BC003610 类似于乳脂肪球-EGF因子8

218 210640_s_at GPCR-Br U63917 G蛋白偶联的受体 219 210660_at LIR-6 AF025529 白细胞免疫球蛋白-样受体-6b 220 210727_at NM_001741 降钙素，降钙素降钙素-rel多 肽，α 221 210762_s_at HP NM_006094 HP蛋白 222 210809_s_at D13665 成骨细胞特异性因子2的osf-2 mRNA 223 210827_s_at ESE-1 U73844 上皮-特异性的转录因子ESE-1a 224 211100_x_at U82278 免疫球蛋白-样转录物1c 225 211101_x_at U82276 免疫球蛋白-样转录物1a 226 211102_s_at U82277 免疫球蛋白-样转录物1b 227 211161_s_at AF130082 胶原，类型III，α1 228 211217_s_at AF051426 缓慢延迟的整流器通道亚基 229 211538_s_at U56725 热激70kD蛋白2 230 211564_s_at BC003096 类似于LIM域蛋白 231 211679_x_at GABBR2 AF095784 GABA-B受体R2 232 211813_x_at AF138303 饰胶蛋白聚糖D 233 211959_at IGFBP5 AW007532 胰岛素-样生长因子结合蛋白5 234 211964_at AK025912 类型IV胶原α(2)链 235 212067_s_at AL573058 补体组分1，r亚组分 236 212253_x_at KIAA0728 BG253119 KIAA0728蛋白 237 212294_at BG111761 DKFZp586B0918 238 212328_at KIAA1102 AB029025 KIAA1102蛋白 239 212344_at KIAA1077 AW043713 KIAA1077蛋白 240 212353_at KIAA1077 AI479175 KIAA1077蛋白 241 212354_at KIAA1077 BE500977 KIAA1077蛋白 242 212464_s_at FN X02761 纤连蛋白前体 243 212724_at NM_005168 ras同源物基因家族，成员E 244 212738_at AV717623 245 212775_at AI978623 KIAA0657蛋白 246 212803_at NM_005967 NGFI-A结合蛋白2

247 212806_at KIAA0367 AL138349 KIAA0367蛋白 248 212850_s_at AA584297 低密度脂蛋白受体-rel蛋白4 249 212865_s_at BF449063 胶原，类型XIV，α1(粗纤维调 节素(undulin)) 250 212912_at AI992251 核糖体proS6激酶，90kDa， polypep2 251 212992_at AI935123 252 213029_at AL110126 DKFZp564H1916 253 213306_at AA917899 多PDZ域蛋白 254 213381_at N91149 DKFZp586M2022 255 213423_x_at AI884858 推定的前列腺癌肿瘤抑制剂 256 213553_x_at W79394 载脂蛋白C-I 257 213668_s_at AI989477 SRY(性别决定区Y)-框4 258 213693_s_at AI610869 粘蛋白1，跨膜 259 213800_at X04697 补体因子H38-kDaN-末端片段 260 213904_at AL390170 DKFZp547E184 261 213924_at FLJ11585 BF476502 假定蛋白FLJ11585 262 214023_x_at AL533838 微管蛋白，β多肽 263 214175_x_at AI254547 LIM域蛋白 264 214239_x_at Mel-18 AI560455 锌指蛋白144 265 214307_at AI478172 尿黑酸1，2-双加氧酶 266 214434_at KIAA0417 AB007877 KIAA0417基因产物 267 214632_at NM_003872 神经毡蛋白2 268 214680_at BF674712 神经营养性酪氨酸激酶受体2 269 214702_at MSF-FN70 AJ276395 迁移刺激因子FN70 270 214763_at FLJ13875 AK023937 FLJ13875 271 214803_at BF344237 DKFZp564N1116 272 214955_at AI912086 DNA序列克隆1170K4染色体 22q12.2-13.1 273 214977_at FLJ13790 AK023852 FLJ13790 274 215016_x_at KIAA0728 BC004912 KIAA0728蛋白

275 215034_s_at FLJ13302 AI189753 FLJ13302 276 215076_s_at FLJ11428 AU144167 FLJ11428 277 215243_s_at GJB3 AF099730 连接蛋白31 278 215388_s_at X56210 补体因子H-相关蛋白1 279 215442_s_at BE740743 甲状腺刺激激素受体 280 215443_at BE740743 甲状腺刺激激素受体 281 215506_s_at AK021882 高度类似于推定的肿瘤sup NOEY2 282 215536_at X87344 DMA，DMB，HLA-Z1，IPP2， LMP2，TAP1，LMP7，TAP2， DOB，DQB2和RING8，9，13，14 基因 283 216356_x_at KIAA0734 AB018277 KIAA0734蛋白 284 216470_x_at AF009664 T细胞受体β基因座，3胰蛋白 酶原重复 285 216569_at FABP3-ps U72237 脂肪酸-结合蛋白假基因 286 217546_at R06655 287 217561_at BF447272 288 217592_at AV684859 289 217767_at NM_000064 290 217820_s_at FLJ10773 NM_018212 假定蛋白FLJ10773 291 217875_s_at TMEPAI NM_020182 跨膜的、前列腺雄激素诱导的 RNA 292 218002_s_at SCYB14 NM_004887 小诱导型细胞因子亚家族B (Cys-X-Cys)，成员14(BRAK) 293 218182_s_at CLDN1 NM_021101 密蛋白1 294 218353_at NM_025226 MSTP032蛋白 295 218368_s_at FN14 NM_016639 类型I跨膜蛋白Fn14 296 218418_s_at NM_015493 DKFZP434N161 297 218469_at CKTSFlBl NM_013372 Cysknot超家族1，BMP拮抗 剂1

298 218537_at FLJ20568 NM_017885 假定蛋白FLJ20568 299 218546_at FLJ14146 NM_024709 假定蛋白FLJ14146 300 218613_at NM_018422 假定蛋白DKFZp761K1423 301 218653_at SLC25A15 NM_014252 溶质载体家族25(线粒体载 体；鸟氨酸转运蛋白)成员15 302 218691_s_at RIL NM_003687 回复诱导的LIM蛋白 303 218844_at FLJ20920 NM_025149 假定蛋白FLJ20920 304 218856_at LOC51323 NM_016629 假定蛋白LOC51323 305 218952_at SAAS NM_013271 粒家族-样神经内分泌肽前体 306 218960_at TMPRSS4 NM_016425 跨膜蛋白酶，丝氨酸4 307 219010_at FLJ10901 NM_018265 假定蛋白FLJ10901 308 219127_at MGC11242 NM_024320 假定蛋白MGC11242 309 219191_s_at BIN2 NM_016293 桥接综合者2 310 219195_at PPARGC1 NM_013261 过氧化物酶体增殖激活的受体， γ，辅激活物1 311 219211_at USP18 NM_017414 遍在蛋白特异性的蛋白酶18 312 219277_s_at FLJ10851 NM_018245 假定蛋白FLJ10851 313 219331_s_at FLJ10748 NM_018203 假定蛋白FLJ10748 314 219416_at CSR1 NM_016240 CSR1蛋白 315 219436_s_at LOC51705 NM_016242 endomucin-2 316 219440_at RAI2 NM_021785 视黄酸诱导的2 317 219463_at HS1119D9 1 NM_012261 类似于S68401(牛)葡萄糖诱 导的基因 318 219476_at MGC4309 NM_024115 假定蛋白MGC4309 319 219525_at FLJ10847 NM_018242 假定蛋白FLJ10847 320 219527_at FLJ20605 NM_017898 假定蛋白FLJ20605 321 219561_at LOC51226 NM_016429 nonclathrin外壳蛋白ζ-COP的 COPZ2 322 219596_at LOC56906 NM_020147 来自EUROIMAGE511235的假 定蛋白 323 219597_s_at DUOX1 NM_017434 双氧化酶1

324 219743_at HEY2 NM_012259 具有YRPw基序2的 hairyenhancer-of-splitrel 325 219749_at FLJ20967 NM_022071 假定蛋白FLJ20967 326 219836_at MGC10796 NM_024508 假定蛋白MGC10796 327 219855_at FLJ10628 NM_018159 假定蛋白FLJ10628 328 219856_at MGC2742 NM_023938 假定蛋白MGC2742 329 219926_at POP3 NM_022361 popeye蛋白3 330 219932_at VLCS-H1 NM_014031 v长链酰基辅酶A合成酶同源 物1 331 219958_at FLJ11190 NM_018354 假定蛋白FLJ11190 332 220034_at NM_007199 白细胞介素-1受体-相关激酶M 333 220108_at GNA14 NM_004297 鸟嘌呤nucl结合蛋白(G蛋白)， α14 334 220332_at CLDN16 NM_006580 神经毡蛋白16 335 220595_at DKFZp434 B0417 NM_013377 假定蛋白DKFZp434B0417 336 220751_s_at C50RF4 NM_016348 染色体5可读框4 337 221009_s_at PGAR NM_016109 PPAR(γ)angiopoietin相关蛋白 338 221073_s_at NOD1 NM_006092 胱天蛋白酶募集域4 339 221147_x_at WWOX NM_018560 含有WW域的氧化还原酶 340 221266_s_at LOC81501 NM_030788 DC-特异性的跨膜蛋白 341 221270_s_at TGT NM_031209 tRNA-鸟嘌呤转糖基酶 342 221489_s_at AF227517 sprouty(果蝇)同源物4 343 221577_x_at AF003934 前列腺分化因子 344 221636_s_at AL136931 DKFZp586G2122 345 221701_s_at AF352728 STRA6同工型1mRNA，可变 剪接的 346 221724_s_at AF200738 C-类型凝集素DDB27短形式 347 221795_at AI346341 类似于假定蛋白FLJ20093 348 221796_at AA707199 类似于假定蛋白FLJ20093 349 221799_at KIAA1402 AB037823 KIAA1402蛋白

350 221870_at AI417917 FLJ22356fis 351 221900_at AI806793 胶原，类型VIII，α2 352 221928_at AI057637 轻微类似于2109260AB细胞生 长因子 353 221959_at BE672313 高度类似于HSU79298人克隆 23803 354 32128_at Y13710 可替代的激活的巨噬细胞特异 性的CC趋化因子1 355 37004_at SP-B J02761 肺表面活性剂-相关蛋白B 356 37117_at Z83838 类似于rhoGAP蛋白的GTP酶- 激活蛋白。核糖体蛋白L6假基 因 357 37152_at L07592 过氧化物酶体增殖子激活的受 体 358 37408_at KIAA0709 AB014609 KIAA0709蛋白 359 38691_s_at SP5 J03553 肺表面活性剂蛋白 360 45297_at AI417917 361 63305_at D81792 362 823_at HSU84487 CX3C趋化因子前体，可变剪 接的 363 91920_at AI205180 364 SGENE正向引物 365 SGENE反向引物 366 SGENE探针 367 TESTICAN1正向引物 368 TESTICAN1反向引物 369 TESTICAN1探针 370 GABRE正向引物 371 GABRE反向引物 372 GABRE探针 373 CDH3正向引物

374 CDH3反向引物 375 CDH3探针 376 FN1正向引物 377 FN1反向引物 378 FN1探针 379 TPO-1正向引物 380 TPO-1反向引物 381 TPO-1探针 382 TPO-2正向引物 383 TPO-2反向引物 384 TPO-2探针 385 KCNAB1-1正向引物 386 KCNAB1-1反向引物 387 KCNAB1-1探针 388 KCNAB1-2正向引物 389 KCNAB1-2反向引物 390 KCNAB1-2探针 391 FABP4-1正向引物 392 FABP4-1反向引物 393 FABP4-1探针 394 FABP4-2正向引物 395 FABP4-2反向引物 396 FABP4-2探针 397 DOI1-1正向引物 398 DOI1-1反向引物 399 DOI1-1探针 400 DOI1-2正向引物 401 DOI1-2反向引物 402 DOI1-2探针 403 B-ACTIN正向引物 404 B-ACTIN反向引物

405 B-ACTIN探针 406 GOLGIN67正向引物 407 GOLGIN67反向引物 408 GOLGIN67探针 409 PAX8正向引物 410 PAX8反向引物 411 PAX8探针 412 HERC正向引物 413 HERC反向引物 414 HERC探针 415 DDIT3正向引物 416 DDIT3反向引物 417 DDIT3探针 418 ITM1正向引物 419 ITM1反向引物 420 ITM1探针 421 C10F24正向引物 422 C1OF24反向引物 423 C10F24探针 424 MOT8正向引物 425 MOT8反向引物 426 MOT8探针 427 ARG2正向引物 428 ARG2反向引物 429 ARG2探针